Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Comment sont-ils surveillés et classifiés ? Tout savoir sur la surveillance mise en place pour les détecter.

Mis à jour le 14 avril 2021
Dans cet article

Coronavirus : que sait-on sur la nature des variants du SARS-CoV-2 ?

Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l’émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu.

Plusieurs variants du SARS-CoV-2 ont aujourd’hui un impact démontré sur la santé publique (augmentation de la transmissibilité, de la gravité de l’infection ou encore échappement immunitaire). Ils ont émergé fin 2020 dans des zones géographiques distinctes, et sont désignés comme des « variants préoccupants » (« variants of concern », ou VOC, en anglais). Parmi eux, le variant apparu au Royaume-Uni, dénommé 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7, s’est rapidement propagé en France après son introduction fin 2020 et est désormais majoritaire sur le territoire national.

Face à l’émergence et la diffusion mondiale de variants d’intérêt, les capacités de surveillance génomique (séquençage du virus) aptes à leur détection se sont considérablement accrues en France et au niveau international. D’autres variants, porteurs de mutations qui les distinguent des souches virales de référence du SARS-CoV-2, sont depuis régulièrement identifiés, en partie du fait de ce renforcement des capacités de séquençage. Pour certains de ces variants nouvellement détectés, leur impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais leurs caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques justifient le classement en « variants à suivre » (« variants of interest », ou VOI en anglais).

Les variations génétiques du SARS-CoV-2 sont surveillées au niveau mondial et les séquences produits dans chaque pays sont partagées dans des bases de données internationales, dont la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data). En France et depuis le début de l’épidémie, près de 12 000 séquences du virus avaient été début mars publiées sur cette base de données par des laboratoires français.

Mieux comprendre la circulation virale grâce à une stratégie globale de surveillanceAfficherMasquer

La nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en terme de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national dans l’objectif de contenir leur progression.

Cette surveillance repose sur une stratégie à plusieurs niveaux :

  • La réalisation de tests RT-PCR de criblage ; le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations caractérisant les VOC connus à ce jour et d’évaluer leur diffusion sur l’ensemble du territoire. Ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire. Les résultats de ces analyses permettent de suspecter notamment la présence d’un variant 20I/501Y.V1 (Royaume-Uni), celle d’un variant 20H/501Y.V2 (Afrique du Sud) ou 20J/501Y.V3 (Brésil) (sans distinction) ou de conclure à l’absence de VOC. 
  • Des enquêtes faisant appel au séquençage du génome viral, sur une sélection de prélèvements RT-PCR positifs aujourd’hui aléatoire (enquêtes Flash). Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif prioritaire de dresser une cartographie complète des types de virus (VOC, VOI, souches historiques, variants en cours d’évaluation) circulant en France et de contribuer à la détection de l’émergence de nouveaux variants.
  • Une surveillance épidémiologique renforcée à l’échelle de tout le territoire afin de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer également une alerte, compte tenu de la forte suspicion de transmissibilité accrue de ces nouveaux variants.

Comment caractériser et classer ces différents variants ?AfficherMasquer

En France, Santé publique France et le Centre National de Référence des virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon hebdomadaire, une analyse de risque sur les différents variants identifiés en France et à l’international du SARS-CoV-2, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion en France et à l’international et leurs caractéristiques  (sources : données du consortium EMERGEN dont les enquêtes Flash, résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » ou GISAID, données de la littérature scientifique, documents produits par l’OMS et l’ECDC, etc.), de l’analyse fonctionnelle virologique en France, notamment par le CNR, et de la définition de variants de l’OMS le 25/02/2021

Cette analyse de risque aboutit au classement des variants évalués en trois catégories :

  • variant préoccupant, ou VOC (« variant of concern » en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :
    • une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie du COVID-19 ;
    • une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ;
    • une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) OU
    • classement en VOC par l’OMS
  • variant à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest » en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET
    • responsable d’une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays OU
    • classement en VOI par l’OMS
  • variant en cours d’évaluation : absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre.

Impact du classement en variant d’intérêt ou à suivre

  • Variant préoccupant ou VOC : une surveillance et des mesures de gestion spécifiques sont mises en place au niveau national
  • Variant à suivre ou VOI : le CNR Virus des infections respiratoires et Santé publique France mettent en place un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques ;

Source de données et définition de cas pour l'analyse de risque variants

Analyse de risque liée aux variants du SARS-CoV-2 en France, 08/04/2021
Date de l'analyseVariants préoccupants (VOC)Variants à suivre (VOI)Variants en cours d'évaluation (VUM)
Analyse réalisée le 07/04/202120I/501Y.V1 (B.1.1.7)
Prévalence nationale 82,6% (Flash #5)
A.27 (19B/501Y)
Prévalence nationale 0,2% (Flash #5)
A.28 (19B/501T)
Clusters + cas sporadiques
Analyse GISAID du 07/04/202120H/501Y.V2 (B.1.351)
Prévalence nationale 6,1% (Flash #5)
B.1.616 (20C/H655Y)
Clusters
B.1.526.1
Un foyer de 3 cas aux Antilles françaises
Enquête Flash #5 du 16/03/202120J/501Y.V3 (P.1)
Prévalence nationale 0,5% (Flash #5)
B.1.525 (20A/484K)
Cas sporadiques
B.1.214.2
Cas sporadiques
Rapport OMS du 30/03/2021VOC 202102/02 (B.1.1.7 + E484K)
9 cas détectés
P.2
Cas sporadiques
N.9 (B.1.1.33)
Non détecté en France
  P.3
Non détecté en France
B.1.617
2 cas détectés aux Antilles françaises
  B.1.427
1 cas détecté en France
 
  B.1.429
Cas sporadiques
 
  B.1.526 (+ S477N ou E484K)
2 cas détectés en France avec S477N
 

En savoir plus l’analyse de risque et les caractéristiques des variants d’intérêt à suivre

Cartographie des variants en FranceAfficherMasquer

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent sur le territoire, dont certains sont qualifiés de "variants préoccupants" ou de "variants à suivre" car leur impact (en termes de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national, dans l’objectif de contenir leur progression. 

Carte - Evolution relative de l’incidence du 5 au 11 avril 2021 vs du 1er au 7 avril 2021

Carte - Evolution relative de l’incidence du 5 au 11 avril 2021 vs du 1er au 7 avril 2021

Carte - Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 du 5 au 11 avril 2021

Carte - Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 du 5 au 11 avril 2021

Carte - Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3 du 5 au 11 avril 2021

Carte - Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3 du 5 au 11 avril 2021