Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Comment sont-ils surveillés et classifiés ? Tout savoir sur la surveillance mise en place pour les détecter.

Mis à jour le 18 juin 2021

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Dans cet article

Coronavirus : que sait-on sur la nature des variants du SARS-CoV-2 ?

Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l’émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu.

Plusieurs variants du SARS-CoV-2 ont aujourd’hui un impact démontré sur la santé publique (augmentation de la transmissibilité, de la gravité de l’infection ou encore échappement immunitaire). Ils ont émergé fin 2020 dans des zones géographiques distinctes, et sont désignés comme des « variants préoccupants » (« variants of concern », ou VOC, en anglais). Parmi eux, le variant apparu au Royaume-Uni, dénommé 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7, s’est rapidement propagé en France après son introduction fin 2020 et est désormais majoritaire sur le territoire national.

Face à l’émergence et la diffusion mondiale de variants d’intérêt, les capacités de surveillance génomique (séquençage du virus) aptes à leur détection se sont considérablement accrues en France et au niveau international. D’autres variants, porteurs de mutations qui les distinguent des souches virales de référence du SARS-CoV-2, sont depuis régulièrement identifiés, en partie du fait de ce renforcement des capacités de séquençage. Pour certains de ces variants nouvellement détectés, leur impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais leurs caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques justifient le classement en « variants à suivre » (« variants of interest », ou VOI en anglais).

Les variations génétiques du SARS-CoV-2 sont surveillées au niveau mondial et les séquences produits dans chaque pays sont partagées dans des bases de données internationales, dont la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data). En France et depuis le début de l’épidémie, près de 12 000 séquences du virus avaient été début mars publiées sur cette base de données par des laboratoires français.

Chiffres clés et cartographie des variants en FranceAfficherMasquer

Information : Face à la diversité des variants émergents du SARS-CoV-2, la stratégie initiale de criblage ciblant les variants préoccupants VOC 20I/501Y.V1 (Alpha), VOC 20H/501Y.V2 (Beta) et 20J/501Y.V3 (Gamma) évolue au profit d’une nouvelle stratégie de criblage à la recherche de mutations d’intérêt. Cette stratégie est en cours de déploiement depuis le 31/05/21. 

Chiffres clés au 21/06/21

Au niveau national, sur la semaine du 12 au 18 juin 2021, 9 671 résultats de criblages ont été saisis en nouvelle nomenclature, soit 40,9% du nombre de tests (TAG et PCR) positifs. 

  • 1 453 résultats positifs pour la mutation E484K ont été enregistrés, soit 17,7% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation E484K est recherchée, avec un résultat interprétable.
  • 66 résultats positifs pour la mutation E484Q ont été enregistrés, soit 1,0% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation E484Q est recherchée, avec un résultat interprétable.
  • 635 résultats positifs pour la mutation L452R ont été enregistrés, soit 9,6% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation L452R est recherchée, avec un résultat interprétable.

Indicateurs en open-data sur Géodes

Comment sont-ils surveillés ?AfficherMasquer

La nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en terme de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national dans l’objectif de contenir leur progression.

Cette surveillance repose sur une stratégie à plusieurs niveaux :

  • La réalisation de tests RT-PCR de criblage des mutations d’intérêt ; le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou un possible échappement à la réponse immunitaire (L452R, E484K et E484Q). Les données sur ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire. Les données de criblage disponibles associées aux indicateurs épidémiologiques (incidence, taux de positivité) et les données issues du contact-tracing (éventuels clusters) sont utiles pour identifier de manière réactive toute situation anormale pouvant faire suspecter l’émergence et la diffusion de certains variants porteurs de mutations d’intérêts dans un territoire donné. En cas de situation inhabituelle identifiée, un renforcement du séquençage pourra être mis en place dans la zone géographique concernée.
  • Des enquêtes faisant appel au séquençage du génome viral, sur une sélection de prélèvements RT-PCR positifs aujourd’hui aléatoire (enquêtes Flash). Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif prioritaire de dresser une cartographie complète des types de virus (VOC, VOI, souches historiques, variants en cours d’évaluation) circulant en France et de contribuer à la détection de l’émergence de nouveaux variants.
  • Une surveillance épidémiologique renforcée à l’échelle de tout le territoire afin de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer également une alerte, compte tenu de la forte suspicion de transmissibilité accrue de ces nouveaux variants.

Comment sont classés ces différents variants ?AfficherMasquer

En France, Santé publique France et le Centre National de Référence des virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon hebdomadaire, une analyse de risque sur les différents variants identifiés en France et à l’international du SARS-CoV-2, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion en France et à l’international et leurs caractéristiques  (sources : données du consortium EMERGEN dont les enquêtes Flash, résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » ou GISAID, données de la littérature scientifique, documents produits par l’OMS et l’ECDC, etc.), de l’analyse fonctionnelle virologique en France, notamment par le CNR, et de la définition de variants de l’OMS le 25/02/2021

Cette analyse de risque aboutit au classement des variants évalués en trois catégories :

  • variant préoccupant, ou VOC (« variant of concern » en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :
    • une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie du COVID-19 ;
    • une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ;
    • une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) OU
    • classement en VOC par l’OMS
  • variant à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest » en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET
    • responsable d’une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays OU
    • classement en VOI par l’OMS
  • variant en cours d’évaluation : absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre.

Impact du classement en variant d’intérêt ou à suivre

  • Variant préoccupant ou VOC : une surveillance et des mesures de gestion spécifiques sont mises en place au niveau national
  • Variant à suivre ou VOI : le CNR Virus des infections respiratoires et Santé publique France mettent en place un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques ;

Source de données et définition de cas pour l'analyse de risque variants

Classement des variants du SARS-CoV-2 en France, 16/06/2021
Variants préoccupants (VOC)Variants à suivre (VOI)Variants en cours d'évaluation (VUM)
20I/501Y.V1 (B.1.1.7, Alpha)
86,3% des séquences (Flash #10)
20A/484K (B.1.525, Eta)
1,9% des séquences (Flash #10)
20C/484K ou 20C/477N (B.1.526, Iota)
Cas sporadiques
20H/501Y.V2 (B.1.351, Beta)
5,6% des séquences (Flash #10)
21A/154K (B.1.617.1, Kappa)
0,1% des séquences (Flash #10)
20C/655Y (B.1.616)
Clusters en Bretagne (Côte d'Armor)
20J/501Y.V3 (P.1, Gamma)
1,1% des séquences (Flash #10)
20B/681H (B.1.1.318)
0,3% des séquences (Flash #10)
20A/214Ins (B.1.214.2)
0,2% des séquences (Flash #10)
20I/484K ou 484Q (B.1.1.7 + E484K/Q)*
20I/484K : 1,5% des séquences
20I/484Q : 0,4% des séquences (Flash #10)
20I/452R (B.1.1.7 + L452R)
Cas sporadiques
20A/440K (B.1.619)
0,3% des séquences (Flash #10)
21A/478K (B.1.617.2, Delta)
1% des séquences (Flash #10) 
Majorité de cas importés d'Inde
20D/452R (C36.3)
0,2% des séquences (Flash #10)
20A/477N (B.1.620)
0,5% des séquences (Flash #10)
 20A/145Ins (B.1.621)
1 cas détecté en IDF
20C/452R (B.1.427 / B.1.429, Epsilon)
Cas sporadiques
  19B/501Y (A.27)
Non détecté lors de Flash #10
  20B/484K (P.2, Zeta)
Non détecté lors de Flash #10
  20D/452Q (C.37, Lambda)
Cas sporadiques

Mise à jour de l'analyse de risque réalisée le 16/06/21.
La nomenclature OMS attribuée à certains variants est ajoutée entre parenthèses (alphabet grec).
Enquête Flash #10 réalisée le 26/05 : données préliminaires sur 1 723 séquences interprétables de France métropolitaine
* Le variant 20I/501Y.V1 ayant acquis une substitution en position 484 est classé VOC, que la substitution soit "K" ou "Q"

En savoir plus l’analyse de risque et les caractéristiques des variants d’intérêt à suivre

Activité hebdomadaire de séquençage - Consortium EMER-GENAfficherMasquer

Les résultats de séquençage sont basés sur les remontées d’information à date des activités des 4 plateformes de séquençage (CNR - Institut Pasteur (Paris), CNR - Hospices civils de Lyon, APHP Henri Mondor (Créteil), IHU Marseille) et des laboratoires hospitaliers de virologie du réseau ANRS, qui constituent le support de la stratégie nationale de surveillance génomique du SARS-CoV-2 construite par Santé publique France et l’ANRS | Maladies Infectieuses Émergentes.

Points clés en semaine 23

  • L’activité de séquençage réalisée par les 4 plateformes et le réseau ANRS|MIE est inférieure à celle de la semaine 22, avec un total de 3 125 séquences produites (-13%).
  • Depuis la semaine 5/2021, 72 805 séquences ont été produites par les laboratoires membres du consortium EMER-GEN.

L’enquête Flash #10 (25/05/2021) a permis l’acheminement vers les 4 plateformes de 873 prélèvements supplémentaires en S23, pour un total de 1 723 prélèvements colligés lors de cette enquête, et les prélèvements de l’Enquête Flash #11 (08/06/2021) sont en cours d’envoi.

L’Enquête Flash #12 aura lieu le 22 juin 2021 et, pour tenir compte du ralentissement de l’épidémie, elle reposera sur l’envoi de tous les prélèvements positifs du jour. Ces enquêtes seront dorénavant hebdomadaires.

Les capacités additionnelles du réseau ANRS|MIE (séquençage NGS (génome complet) en large majorité) sont un complément important au niveau régional pour les cibles prioritaires identifiées dans la stratégie nationale. 

L’activité hebdomadaire de chaque plateforme peut fluctuer d’une semaine à l’autre en fonction des demandes qui leur sont adressées ou de contraintes techniques.

Activité réelle de séquençage du SARS-CoV-2 basée sur le nombre de prélèvements reçus, Consortium EMER-GEN, France, semaines 5 à 23/2021 (Source : données EMER-GEN, Santé publique France)

Figure activité de séquençage, semaine 23-2021

Note :
- Séquençage NGS génome complet exclusivement dès S05 pour APHP Mondor, CNR HCL et CNR Pasteur ; à partir de la S14 pour l’IHU Marseille
- Activité cumulée des laboratoires du réseau ANRS ǀ MIE : séquençage NGS génome complet; SANGER et NGS gène S

L’activité hebdomadaire de chaque plateforme peut fluctuer d’une semaine à l’autre en fonction des demandes qui leur sont adressées ou de contraintes techniques.

 

Au niveau international, la plateforme GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) a été créée dans le but de collecter les données de séquençage du virus de la grippe et est, depuis 2020, impliquée dans la collecte des séquences du génome complet du SARS-CoV-2.

La Figure 2 témoigne d’une activité de dépôt dans GISAID légèrement plus basse en semaine 23 qu’en semaine 22 (2 778 vs 3 374 en S22) ; les efforts de dépôts observés en S16 et S17, puis en S21 doivent être renforcés.

La soumission des données est toutefois globalement croissante et au 14/06/2021, près de 44 400 séquences de SARS-CoV-2 ont été déposées sur GISAID depuis janvier 2021 par des laboratoires de France métropolitaine. Il faut noter que le délai de soumission puis d’acceptation des séquences soumises sur GISAID est important : il n’est donc pas possible de comparer les données hebdomadaires EMER-GEN aux données de dépôts des semaines équivalentes sur GISAID. Un travail est en cours pour construire un indicateur de suivi robuste de l’activité réelle de dépôt des séquences par ces laboratoires et les accompagner dans cet effort de publication si besoin est.

Nombre de dépôts dans GISAID de séquences de SARS-CoV-2, par des laboratoires français, semaines 1 à 23/2021 (Source : GISAID)

Figure dépôt GISAID séquençages S23

Zoom sur les enquêtes FlashAfficherMasquer

Les Enquêtes Flash# ont été mises en place dans le but de cartographier à un instant donné les variants du SARS-CoV-2 circulant en France. Les premières enquêtes ont été menées les 7 et 8 janvier 2021 et sont depuis répétées à intervalle régulier. Les enquêtes Flash font partie des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes dans le cadre du consortium EMER-GEN.