Enquêtes Flash : évaluation de la circulation des variants du SARS-CoV-2 en France

Résultats des enquêtes Flash# réalisées à intervalle régulier et permettant de cartographier les variants du SARS-CoV-2 sur le territoire français

Mis à jour le 03 mai 2021

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Dans cet article

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent sur le territoire, dont certains sont qualifiés de "variants préoccupants" (« variants of concern » - VOC) ou de "variants à suivre" (« variants of interest » - VOI) car leur impact (en termes de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national, dans l’objectif de contenir leur progression. 

Dans ce contexte, les Enquêtes Flash ont été mises en place dans le but de cartographier à un instant donné les variants du SARS-CoV-2 circulant en France. Les premières enquêtes ont été menées les 7 et 8 janvier 2021 et sont depuis répétées à intervalle régulier. Les enquêtes Flash font partie des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes dans le cadre du consortium EMER-GEN.

Ces enquêtes s’intègrent dans un dispositif global de surveillance comprenant :

  • La réalisation de tests RT-PCR de criblage ; le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive des variants préoccupants (VOC) connus ou de certaines mutations d’intérêt.
  • La réalisation d’un séquençage complet du génome viral, dans le cadre de la stratégie nationale de surveillance génomique et notamment des enquêtes Flash.
  • Une surveillance épidémiologique renforcée à l’échelle de tout le territoire afin de repérer tout signal épidémiologique qui pourrait constituer également une alerte.

En savoir plus sur la circulation et le classement des variants

Objectifs

  • Détecter l'émergence de lignages génétiques (variants) présentant des mutations susceptibles d’avoir des conséquences sur la transmissibilité, la virulence ou l’échappement immunitaire
  • Suivre leur éventuelle diffusion sur le territoire ou au sein de populations spécifiques

Afin de suivre l'évolution moléculaire des virus circulant sur le territoire, Santé publique France a pour objectif de recueillir les résultats de séquençage rendus par les quatre plateformes de séquençage (CNR Institut Pasteur (Paris), CNR Hospices civils de Lyon, AP-HP Henri-Mondor (Créteil) et IHU Méditerranée Infection) et les laboratoires du réseau de virologie de l’ANRS|MIE. L’analyse de ces résultats permet de cartographier les clades et les variants du SARS-CoV-2 circulant sur le territoire national. Les données de surveillance sont confrontées aux données épidémiologiques et aux résultats des travaux de virologie visant à étudier les propriétés des virus concernés.

Déroulement des enquêtes Flash

Les enquêtes Flash reposent sur la méthodologie suivante :

  • Les deux premières enquêtes (Flash #1 des 7-8 janvier 2021 et Flash #2 du 27 janvier 2021) reposaient sur une sélection de prélèvements positifs par RT-PCR et dont le résultat de criblage, à la recherche de variants préoccupants (VOC), était connu.
  • Depuis l’enquête Flash #3, et afin d’obtenir une cartographie globale (non limitée aux VOC connus) des différents types de virus SARS-CoV-2 circulant sur le territoire français, la sélection des prélèvements ayant un résultat de RT-PCR positif repose un échantillonnage aléatoire, quel que soit le résultat du criblage. Ces prélèvements ne doivent pas provenir de l’investigation d’un cluster afin d’éviter des biais de sélection.

Ces enquêtes Flash sont proposées deux fois par mois à tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) publics et privés et reposent sur une participation volontaire. Ces prélèvements sont ensuite transmis aux plateformes du consortium EMER-GEN.

A quoi servent les résultats ?

Les données générées par les Enquêtes Flash sont destinées à enrichir la surveillance de la COVID-19, à contribuer aux analyses de risque permettant de caractériser et classer les différents variants circulant en France, et à alimenter des travaux de recherche. 

Comment sont-ils valorisés ?

Les résultats des enquêtes Flash sont disponibles dans les points épidémiologiques nationaux publiés chaque semaine sur notre site internet (données préliminaires et consolidées). A partir de l'enquête Flash#5,  un document synthétique des données consolidées est également mis en ligne.

Tableau synthétique des résultats par vague d'enquêtes

 Méthode d'échantillonnageNombre de prélèvements séquencésNombre de laboratoires participantsProportion de variants préoccupants (VOC)
Flash#1Sur prélèvements ayant un résultat de criblage suspectant la présence d’un variant4821353,3% 20I/501Y.V1* 
Flash#2Sur prélèvements ayant un résultat de criblage suspectant la présence d’un variant1 52823413% 20I/501Y.V1*
Flash#3Sur sélection aléatoire, quel que soit le résultat de criblage69913844,2% 20I/501Y.V1
6% 20H/501Y.V2
0,6% 20J/501Y.V3 (parmi les séquences interprétables)
Flash#4Sur sélection aléatoire, quel que soit le résultat de criblage1 65610768,6% 20I/501Y.V1
5,5% 20H/501Y.V2
0,1% 20J/501Y.V3 (parmi les séquences interprétables)
Flash#5Sur sélection aléatoire, quel que soit le résultat de criblage2 86013982,3% 20I/501Y.V1
6,4% 20H/501Y.V2
0,3% 20J/501Y.V3 
0,1% 20I/484K (parmi les séquences interprétables)
Flash#6Sur sélection aléatoire, quel que soit le résultat de criblage2 59011880,8% 20I/501Y.V1
7,8% 20H/501Y.V2
0,4% 20J/501Y.V3 
0,5% 20I/484K (parmi les séquences interprétables)

* Données estimées sur la base des informations disponibles sur les résultats de criblage.

Résultats détaillés (données préliminaires et consolidées) des enquêtes Flash

Flash 1 (07 et 08 janvier 2021) :

Flash 2 (27 janvier 2021) :

Flash 3 (16 février 2021) :

Flash 4 (02 mars 2021) :

Flash #5 (16 mars 2021) :

Flash #6 (30 mars 2021) :

Flash #7 (12 avril 2021) :