Point épidémiologique COVID-19 du 6 janvier 2021 : très forte progression de la circulation du SARS-CoV-2 liée à la diffusion très rapide du variant Omicron

Publié chaque semaine, le point épidémiologique relatif à la surveillance de la COVID-19 présente une analyse détaillée des indicateurs mis en place par Santé publique France et son réseau de partenaires pour suivre l’évolution de l’épidémie et orienter les décisions publiques.

Publié le 7 janvier 2022

En semaine 52 (du 27 décembre au 2 janvier), une très forte progression de la circulation du SARS-CoV-2 a été observée sur l’ensemble du territoire (+129%) en lien avec la diffusion très rapide du variant. Le taux d’incidence a atteint 1 908 cas pour 100 000 habitants, soit près de 2% de la population testée positive en S52. Le taux d’incidence corrigé a au minimum doublé dans toutes les classes d’âge. Les plus fortes augmentations du taux d’incidence étaient observées en Outre-mer, notamment à Mayotte (870, +664%) et en Guadeloupe (1 218, +486%). Les nouvelles hospitalisations étaient en hausse dans la quasi-totalité des régions, plus marquée chez les moins de 40 ans, et particulièrement chez les moins de 10 ans. Au 04 janvier, 77,2% de la population totale avait reçu une primo-vaccination complète. Parmi les personnes de 18 ans et plus, 48,4% avait reçu une dose de rappel (72,9% parmi les 65 ans et plus). Avec la vitesse de propagation très élevée du variant Omicron (74% des tests de criblage sont désormais compatibles avec ce variant), l’adhésion rigoureuse à l’ensemble des mesures barrières, dont le port du masque et la réduction des contacts, ainsi que l’aération fréquente des lieux clos et le télétravail sont plus que jamais nécessaires pour tenter de ralentir le nombre de contaminations et protéger les plus vulnérables. L’intensification de la vaccination, y compris le rappel dès trois mois, et le respect de l’ensemble des mesures préconisées en cas de symptôme, de test positif ou de contact à risque, sont indispensables pour limiter les répercussions sur le système de soins.

Plus de 168 000 cas diagnostiqués en moyenne chaque jour et doublement du taux d’incidence

Au niveau national, le taux d’incidence corrigé pour l’effet du jour férié (1er janvier) a très fortement augmenté en semaine 52 pour atteindre 1 908 cas pour 100 000 habitants (vs 835 en S51, soit +129%). En moyenne, plus de 168 000 cas étaient diagnostiqués chaque jour. Le taux de reproduction effectif s’élevait à 1,61 le 1er janvier (vs 1,22 le 25/12), indiquant une accélération marquée de la circulation virale. Le taux d’incidence corrigé a au minimum doublé dans toutes les classes d’âge. Il a été multiplié par trois chez les 70-79 ans (+207%) et les 80-89 ans (+212%). Il s’élevait à 3 606 (+103%) chez les 20-29 ans et 2 905 (+112%) chez les 30-39 ans. Le taux de dépistage corrigé a augmenté (+17%) dans toutes les classes d’âge, à l’exception des 0-9 ans où il était de nouveau en baisse, en lien avec les vacances scolaires (-4%). Le taux de positivité des tests a fortement augmenté et a atteint son plus haut niveau depuis le début de l’épidémie (17,1%, +8,4 points).

En France métropolitaine, le taux d’incidence corrigé était en hausse sur l’ensemble du territoire et atteignait 3 036 (+115%) en Île-de-France, 2 444 en Corse (+135%) et 2 072 (+106%) en Auvergne-Rhône-Alpes. En Outre-mer, le taux d’incidence corrigé a très fortement augmenté dans toutes les régions. Il a atteint 1 281 (+92%) à La Réunion et 1 218 (+486%) en Guadeloupe. Mayotte a connu la plus forte progression du taux d’incidence (870, +664%) et des nouvelles hospitalisations.

Augmentation des nouvelles hospitalisations et stabilisation des admissions en soins critiques à des niveaux élevés

Le nombre de nouvelles hospitalisations a augmenté (+18%) alors que les admissions en soins critiques sont restées stables (-3%). Au 04 janvier, 20 252 patients COVID-19 étaient hospitalisés, dont 3 678 en soins critiques. Parmi l’ensemble des patients COVID-19, la part des patients hospitalisés pour prise en charge de la COVID-19 était stable ces dernières semaines (84% en S52 vs 86% en S51 pour les hospitalisations et 94% vs 95% pour les soins critiques). Le nombre de décès a augmenté de 6%, représentant 1 275 décès dont 59 en ESMS.

En France métropolitaine, le nombre de nouvelles hospitalisations a augmenté dans la quasi-totalité des régions. En Outre-mer, Mayotte a connu la plus forte progression des nouvelles hospitalisations. Les nouvelles admissions à l’hôpital étaient également en hausse en Guyane et à La Réunion.

Omicron : que savons-nous à ce jour sur son impact sur la population ?

Les analyses préliminaires du Royaume-Uni, du Canada, des États-Unis et d’Israël suggèrent un risque d'hospitalisation réduit pour Omicron par rapport aux autres variants (de 56% à 81%), mais ces données sont à interpréter avec précaution car les cas d’infection sont encore majoritairement observés chez une population jeune, et donc moins à risque.

En France, les données du réseau OSCOUR® montrent un taux d’hospitalisation après passage aux urgences pour suspicion de COVID-19 en baisse depuis deux semaines (36% en S52 vs 50% en S50) alors que le taux d’hospitalisation après passage toutes causes est resté stable. Elles suggèrent ainsi une moindre gravité des cas ayant eu recours aux urgences pour suspicion de COVID-19 sur les deux dernières semaines (au cours desquelles le variant Omicron est devenu majoritaire). Cette interprétation précoce est à prendre avec prudence.

Premières investigations sur les cas Omicron

En complément, pour décrire les caractéristiques des premiers cas détectés d’infection par Omicron, Santé publique France et les Agences régionales de santé ont investigué 338 cas confirmés. La majorité était symptomatique (89% ; 283/317*), mais de façon bénigne, ce qui peut être lié à l’âge des cas (médiane de 32 ans*) et à la faible proportion d’entre eux qui présentaient des facteurs de risque (34/260, soit 13%*). Par ailleurs, 95% n’avaient pas reçu une dose de rappel. Seuls cinq cas ont été hospitalisés (5/225 ; soit 2%*), dont aucun en réanimation. Parmi eux, trois n’étaient pas vaccinés (dont un rapportant une précédente infection), et un était primo-vacciné avec une dose de rappel.Ces résultats préliminaires doivent être interprétés avec prudence. Ils suggèrent toutefois une moindre sévérité de l’infection par Omicron, ce qui est cohérent avec les analyses publiées par d’autres pays. (*sur la base des données disponibles)

74% des tests criblés compatibles avec Omicron

La stratégie de criblage déployée en France vise à détecter de manière réactive des mutations ayant un impact sur le transmissibilité, la gravité ou l'échappement à l'immunité. Certains profils de mutation permettent de suspecter la présence de certains variants. La stratégie de criblage est régulièrement adaptée pour suivre au plus près les virus circulants. Depuis le 20 décembre 2021, cette stratégie cherche les mutations E484K (sous le code A dans la base de données SI-DEP) et L452R (sous le code C), et un panel de mutations plus spécifiques d’Omicron (sous le code D).

Depuis le 6 janvier 2022, Santé publique France met à disposition en open data cinq nouveaux indicateurs sur 7 jours glissants. Ils sont disponibles quotidiennement sur la plateforme Géodes et le site data.gouv.fr et déclinés à l’échelle nationale et régionale. Le tableau de bord InfoCovidFrance évolue également.

En semaine 52, la proportion de prélèvements A0C0 (compatibles avec Omicron car ne portent pas les mutations E484K et L452R) a augmenté de manière importante (74%, soit 259 794 résultats, vs 42% en S51), avec des disparités régionales. En effet, en France métropolitaine, la proportion de A0C0 variait entre 51% en Provence-Alpes-Côte d’Azur et 90% en Île-de-France. La proportion de A0C0 était aussi en hausse en Guadeloupe, en Martinique et à La Réunion même si elle restait plus faible qu’en métropole. Inversement, la proportion de prélèvements positifs criblés portant la mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) continuait de diminuer, avec 25,9% en S52 (vs 57,1% en S51).

Les données de séquençage, qui seules permettent d’identifier les variants, confirment une augmentation rapide de la diffusion d’Omicron en France métropolitaine : il représentait 10,7% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S50 et 49% dans l’enquête Flash S51.

Près de 73% des 65 ans et plus ont reçu leur dose de rappel

Le 4 janvier 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale à partir de Vaccin Covid était de 77,2% pour une primo-vaccination complète et de 38,1% pour la dose de rappel. Parmi les 12 ans et plus, 89,8% avaient reçu une primo-vaccination complète. Parmi les 18 ans et plus, 48,4% avaient reçu une dose de rappel et 59,4% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient effectivement reçu. Parmi les 65 ans et plus, 72,9% avaient reçu une dose de rappel et 82,4% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient reçu. En outre, 2,5% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (0,6% pour les 5 à 9 ans). Au 4 janvier 2022, 93,0% des résidents en Ehpad ou USLD avaient reçu une primo-vaccination complète et 67,1% avaient reçu un rappel. Le pourcentage de ces résidents éligibles au rappel et l’ayant effectivement reçu était de 73,5%. Par ailleurs, 58,6% de professionnels exerçant en Ehpad ou USLD éligibles à la dose de rappel avaient effectivement reçu cette dose. Ce pourcentage était de 78,6% pour les professionnels libéraux et de 59,8% pour les professionnels salariés.

Des écarts ont été constatés au niveau départemental entre les données SIDEP reçues par Santé publique France ces derniers jours et celles à disposition des ARS. Les indicateurs épidémiologiques (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage) à l’échelle départementale sont donc momentanément indisponibles. Les indicateurs régionaux sont peu impactés, à l’exception des régions Bourgogne-Franche-Comté et Martinique, et permettent d’avoir une visibilité sur la dynamique de l’épidémie en région. Les indicateurs nationaux ne sont pas impactés. Tous les acteurs sont mobilisés pour une résolution dans les meilleurs délais.

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COVID-19 : point épidémiologique du 6 janvier 2022

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