A quelques jours de la détection du premier cas du variant Omicron détecté à La Réunion le 29 novembre 2021, 9 cas sont confirmés en France (7 en France métropolitaine et 2 à La Réunion), ce vendredi 3 décembre à 8h. Suite à ces premiers cas sur le territoire français, Santé publique France a réalisé une définition de cas d’infection au variant Omicron qui complète la définition de cas en vigueur pour les infections au SARS-CoV-2. Objectifs : prioriser les actions de contact-tracing, les indications de séquençage pour confirmer la présence de ce variant, les messages de prévention à destination des patients et de leurs contacts à risque.
Une conduite à tenir sera également mise à disposition dans les prochains jours.
Dans sa prochaine analyse de risque menée dans le cadre de la surveillance des variants, Santé publique France présentera un point complet sur les connaissances disponibles sur le variant Omicron. Ces analyses de risque sont menées de façon régulière par Santé publique France et le Centre National de Référence (CNR) Virus des infections respiratoires conjointement. Elles portent sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion et leurs caractéristiques.
Que sait-on du variant Omicron ?
Classé par l’Organisation mondiale de la santé comme variant préoccupant (VOC), le variant Omicron et ses effets potentiels sur l’épidémie sont en cours d’évaluation, mobilisant Santé publique France, le CNR Virus des infections respiratoires et les partenaires du consortium EMERGEN en lien avec la communauté scientifique internationale. A ce jour, nous savons qu’il présente 32 mutations, insertions ou délétions de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma. D’autres mutations pourraient avoir un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire. Il comporte également des mutations peu détectées jusqu’ici. « Les effets potentiels de chacune de ces mutations, mais surtout leur effet combiné - qui ne peut être interprété comme la somme des effets de chacune des mutations - sont à l’étude. »
Où circule le variant Omicron ?
Au 02/12 à 18h, 330 cas de B.1.1.529 ont été soumis dans la base de données internationale GISAID (Tableau 2). La première détection est issue d’un prélèvement du 09/11/2021. La majorité des cas (172/330) a été détectée en Afrique du Sud, dont 149 dans la province de Gauteng (province où se trouve Johannesburg). Depuis le 19/11, des cas ont été détectés dans d’autres provinces d’Afrique du Sud, 4 cas dans la province KwaZulu-Natal, 16 cas dans la province Western Cape, 1 cas dans la province Eastern Cape et 2 cas dans la province Mpumalanga. En Afrique, 19 cas d’Omicron ont aussi été identifiés au Botswana et 33 cas au Ghana.
En Europe, des cas confirmés d’infection par le variant Omicron ont été rapportés par l’Allemagne (9), l’Autriche (3), la Belgique (1), le Danemark (4), l’Espagne (1), l’Irlande (2), l’Italie (2), les Pays-Bas (13), le Portugal (13), le Royaume-Uni (22), la République Tchèque (1), la Suède (3) et la Suisse (1, données au 01/12 à 18h). Des cas d’infection au variant Omicron ont aussi été détectés dans d’autres régions du monde : Australie (9), Brésil (3), Canada (3), Corée du Sud (3), Etats-Unis (1), Hong-Kong (8), Inde (2), Israël (1) et Japon (2, données GISAID au 02/12 à 18h). Globalement, la majorité des cas confirmés d’infection par Omicron hors Afrique correspondent à des retours de voyage d’Afrique du Sud ou d’autres pays d’Afrique (Egypte, Malawi, Mozambique, Namibie, Nigéria, Zimbabwe).
Situation en France
Au 03/12 à 8h, 9 cas confirmés d’infection par le variant Omicron ont été identifiés en France. Ces cas sont suivis de près par les autorités de santé pour assurer les actions de contact-tracing et indiquer les messages de prévention dans l’objectif de préserver la santé de la population.
Comment détecter le variant Omicron ?
Le variant Omicron peut être suspecté lorsque les trois mutations présentes dans la stratégie de criblage actuel ne sont pas retrouvées. Cela constitue un signal qui permet de repérer les prélèvements suspects. Ceux-ci font alors l’objet d’un séquençage complet du génome viral qui seul permet de confirmer la présence de ce nouveau variant.
L’ensemble des résultats de séquençage produits au niveau national sont suivis en temps réel : c’est ce qui permet de détecter l’émergence éventuelle de ce nouveau variant en France.
Comment le variant Omicron est-il surveillé ?
Dans le cadre de la stratégie nationale de surveillance génomique portée par le consortium EMERGEN, coordonné par Santé publique France et l’ANRS | Maladies Infectieuses Emergentes, une nouvelle indication de séquençage a été ajoutée pour constituer un système additionnel de détection rapide et de surveillance des cas possibles d’infection du variant Omicron (B.1.1.529). Ainsi, les laboratoires de biologie médicale adressent aux laboratoires de ce consortium pour séquençage tout prélèvement ayant eu un résultat de test PCR positif et :
- associé à un retour de voyage en Afrique australe
ou
- ayant été en contact rapproché avec une personne revenant de cette région
ou
- pour lequel les résultats des PCR de criblage pourrait évoquer le variant Omicron.
Une attention particulière est portée à La Réunion et à Mayotte du fait de leur proximité géographique.
En France, la surveillance des variants repose sur une stratégie à plusieurs niveaux :
- le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance réactive ;
- le séquençage complet du génome viral, dans le cadre de la stratégie déployée par le consortium EMERGEN, et notamment les enquêtes Flash ;
- une surveillance épidémiologique renforcée et multisources permettant de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer également une alerte.
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