Que sait-on du variant Omicron ?
Classé aujourd’hui par l’ECDC comme variant préoccupant (VOC), le variant Omicron et ses effets potentiels sur l’épidémie sont en cours d’évaluation, mobilisant Santé publique France, le CNR Virus des infections respiratoires et les partenaires du consortium EMERGEN en lien avec la communauté scientifique internationale. A ce jour, nous savons qu’il présente 32 mutations, insertions ou délétions de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma. D’autres mutations pourraient avoir un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire. Il comporte également des mutations peu détectées jusqu’ici. Les effets potentiels de chacune de ces mutations mais également leur effet combiné sont à l’étude.
Dans sa prochaine analyse de risque menée dans le cadre de la surveillance des variants, Santé publique France présentera un point complet sur les connaissances disponibles sur le variant Omicron et dans l’intervalle, un point intermédiaire sera fait pour partager l’évolution des connaissances.
Ces analyses de risque sont menées de façon régulière par Santé publique France et le Centre National de Référence (CNR) Virus des infections respiratoires conjointement. Elles portent sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion et leurs caractéristiques.
Comment le détecter ?
Le variant Omicron peut être suspecté lorsque les trois mutations présentes dans la stratégie de criblage actuel ne sont pas retrouvées. Cela constitue un signal qui permet de repérer les prélèvements suspects. Ceux-ci font alors l’objet d’un séquençage complet du génome viral qui seul permet de confirmer la présence de ce nouveau variant.
L’ensemble des résultats de séquençage produits au niveau national sont suivis en temps réel : c’est ce qui permet de détecter l’émergence éventuelle de ce nouveau variant en France.
En France, la surveillance des variants repose sur une stratégie à plusieurs niveaux :
- le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance réactive ;
- le séquençage complet du génome viral, dans le cadre de la stratégie déployée par le consortium EMERGEN, et notamment les enquêtes Flash ;
- une surveillance épidémiologique renforcée et multisources permettant de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer également une alerte.
Cette surveillance est d’ores et déjà renforcée à La Réunion et à Mayotte.
Où circule-t-il ?
En termes épidémiologique, le variant Omicron a fait l’objet des détections suivantes à ce jour :
- 59 cas dans la Province de Gauteng (Johannesburg) en Afrique du Sud
- 6 cas au Botswana
- 1 cas détecté à Hong-Kong avec des antécédents de voyage en Afrique du Sud
- 1 cas importé en Israël de retour du Malawi
- 1 cas détecté en Belgique
InfoCovidFrance : le tableau de bord quotidien pour suivre l'épidémie de COVID-19
Santé publique France met à disposition de tous InfoCovidFrance, son nouveau tableau de bord de suivi de l’épidémie de COVID-19, permettant un accès facile et pédagogique à l’ensemble des indicateurs qu’elle produit.