Que sait-on de ce nouveau variant BA.2.86 ?
BA.2.86 est un nouveau variant de la famille d’Omicron et a été classé Variant Under Monitoring -VUM- par l’Organisation mondiale de la santé. Il fait l’objet d’une attention particulière au niveau international en raison de son profil génétique atypique et du nombre important de mutations qu’il présente.
Au 31/08/2023 à midi, on dénombrait 25 séquences de ce sous-lignage dans le monde, réparties dans plusieurs pays : dix séquences au Danemark, quatre aux Etats-Unis, quatre en Suède, deux en Afrique du Sud, deux au Portugal, une au Royaume Uni, une en Israël et une au Canada ; à ces 25 séquences s’ajoute celle détectée pour la première fois en France le 31/08/2023 par le CNR Virus des Infections Respiratoires à partir d’un prélèvement issu d’un laboratoire de ville de la région Grand Est et de la dernière enquête Flash du 21/08/23.
A ce stade l’émergence du variant BA.2.86 est encore trop précoce pour pouvoir évaluer ses caractéristiques et son impact. Cependant, le statut immunitaire de la population mondiale est très différent de ce qu’il était à l’émergence d’Omicron avec une part importante de personnes vaccinées ou ayant été infectées par des variants successifs différents, permettant de conserver une certaine protection, en particulier contre les formes sévères.
La surveillance génomique : un pilier pour détecter les variants émergents
La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre la pandémie de COVID-19 à l’échelle nationale et internationale. Le séquençage du génome complet du virus reste la seule technique qui permet de les confirmer, de détecter des variants émergents, et de préciser les mutations qui les caractérisent.
En France, cette surveillance relève des missions du Centre national de référence (CNR) Virus des infections respiratoires (Hospices civils de Lyon) et de ses laboratoires associés (Institut Pasteur, Institut Pasteur de la Guyane et CHU de La Réunion) ; elle est conduite en liens étroits avec Santé publique France et ses partenaires du consortium EMERGEN.
EMERGEN en bref
Le projet EMERGEN, coordonné par Santé publique France et l'ANRS|MIE, a été lancé en janvier 2021 dans le contexte de la pandémie de COVID-19 suite à l’émergence du premier variant préoccupant du SARS-CoV-2 (Alpha, détectée pour la première fois au Royaume Uni en novembre 2020). Sa première mission a été de déployer sur l’ensemble du territoire national un système de surveillance génomique du SARS-CoV-2 afin de suivre de manière plus réactive l’émergence et/ou l’introduction de variants préoccupants.
Depuis sa création, le projet EMERGEN repose sur un consortium pluridisciplinaire regroupant des expertises complémentaires : prélèvement d’échantillons, préparation et séquençage des échantillons, analyse bio-informatique des génomes, publication des résultats de séquençage dans des bases de données nationales et internationales, analyse à des fins de surveillance (enquêtes Flash) ou d’analyse de risque (classification des variants en préoccupants, à suivre ou en cours d’évaluation), découverte éventuelle et caractérisation fonctionnelle de nouveaux variants, travaux de recherche sur leur impact épidémiologique et fonctionnel. En 2023, les activités du consortium continuent sur le SARS-CoV-2, en faisant appel prioritairement aux capacités de séquençage du CNR Virus des infections respiratoires. Des travaux sont en cours pour élargir progressivement ses activités de surveillance et de recherche à d’autres maladies infectieuses émergentes (virales, mais aussi bactériennes, fongiques ou parasitaires).
