Mortalité en France : d’où viennent les chiffres ?

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, un des indicateurs rapportés quotidiennement à la population a été le nombre de décès, calculé par Santé publique France. L’agence publie aujourd’hui le bilan de la surveillance de la mortalité entre le 2 mars et le 31 mai, le 2 mars marquant le début de la phase 3 de la surveillance de l’épidémie de COVID-19

Mis à jour le 22 juillet 2020

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Cette surveillance utilise différentes sources de données, certaines pré-existantes à la pandémie et d’autres mises en place spécifiquement pour disposer de données sur la mortalité liée à la Covid-19. Chaque source permet de dénombrer les décès survenus sur le territoire, chacune comportant des informations spécifiques (voir Encadré – Surveillance de la mortalité).
Au 31 mai, le nombre  de décès associés à l’épidémie de COVID-19 se situait entre 25 000 (estimés à partir des données d’état-civil de l’Insee) et 30 000 décès (estimés à partir des données hospitalières et des EHPAD/EMS). Parmi les décès associés au COVID-19, près de 18 900 sont survenus dans des établissements hospitaliers  et 10 320 ont été déclarés par des EHPAD/EMS.

Anne Fouillet, responsable de la surveillance de la mortalité à la Direction Appui, Traitements et Analyses des données (DATA) de Santé publique France nous présente ce bilan et les questions qu’il pose en terme de santé publique.

Le bilan publié aujourd’hui fait état d’un excès de mortalité entre 25 000 et 30 000 décès. Quelles sont les populations le plus touchées ? S’agit-il d’une situation de mortalité exceptionnelle ? Comment se situe-t-on par rapport aux autre pays européens ?

Parmi les 25 030 décès en excès toutes causes confondues, 23 400 personnes décédées étaient âgées de 65 ans ou plus (soit plus de 93% des décès en excès, +18,2% par rapport à la mortalité attendue dans cette classe d’âges) et 1 510 personnes étaient âgées de 15-64 ans (+7% par rapport à la mortalité attendue dans cette classe d’âges). Dans cette dernière classe d’âges, ce sont les personnes de 45-64 ans qui ont été touchées. Inversement, la mortalité chez les enfants de moins de 15 ans a diminué de 14% sur la période au niveau national.
Par rapport à la mortalité attendue, la proportion de décès en excès chez les hommes était supérieure à celle des femmes.
Au pic en semaine 14 (du 30 mars au 5 avril), la mortalité au niveau national a atteint un niveau qui s’approche de celui enregistré pendant les deux semaines de la canicule d’août 2003. Le nombre de décès estimé au cours de cette période a également dépassé le cumul des décès estimés lors des cinq précédentes épidémies hivernales.
D’après l’ECDC (Centre européen de surveillance et de prévention des maladies infectieuses) pour la zone de l’Union Européenne et du Royaume-Uni, la France est le 6ème pays ayant déclaré le plus grand nombre de décès associés à la COVID-19 pour 100 000 habitants depuis le début de l’épidémie, après la Belgique, le Royaume-Uni, l’Espagne, l’Italie et la Suède.
A l’échelle des 24 états/régions européens participant au consortium européen de surveillance de la mortalité toutes causes confondues (EuroMOMO), un excès de 173 350 décès a été estimé sur la période du 2 mars au 31 mai 2020. 

Vous observez une forte disparité de mortalité selon les territoires. Quelles sont les régions les plus touchées ? Comment expliquer cette situation ?

L’excès de décès estimé au niveau national masque en effet de fortes disparités régionales. L’Ile-de-France est la région qui a été la plus impactée (+64% par rapport à la mortalité attendue), suivie du Grand-Est (+37%) et en particulier les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle. Les régions Auvergne-Rhône-Alpes, Bourgogne-Franche-Comté et les Hauts-de-France ont également un excès de décès majeur (entre +15% et +20% par rapport à la mortalité attendue).
En métropole, l’Ile-de-France était la seule région dans laquelle on observait un excès de décès chez les personnes de 15-64 ans tous sexes confondus. En Ile-de-France, aussi bien les personnes de 15-44 ans que celles de 45-64 ans ont été concernées par un excès de décès.

L’hétérogénéité géographique de la surmortalité est principalement le reflet de la dynamique de l’épidémie sur le territoire, qui a touché massivement le Grand-Est et l’Ile-de-France, et dans une moindre mesure les Hauts-de-France, Auvergne-Rhône-Alpes et la Bourgogne-Franche-Comté. Inversement, les régions faiblement touchées par l’épidémie présentent une surmortalité modérée, voire une sous-mortalité pour deux régions.

Des disparités géographiques de la mortalité à des échelles plus fines, notamment à l’échelle de la commune ou des inter-communes en Ile-de-France, ont également pu être mises en évidence par des travaux complémentaires. 

Il est trop tôt pour expliquer l’hétérogénéité de l’impact sur le territoire, les facteurs explicatifs sont multifactoriels et intriqués, parmi lesquels les caractéristiques sociodémographiques et économiques des populations résidant sur ces territoires ou encore la géographie médicale et sanitaire. Des recherches approfondies et s’appuyant sur des données de sources multiples (socio-économiques, sanitaires, géographiques, cohortes SAPRIS et EPIVOC) seront nécessaires pour mieux comprendre cette hétérogénéité.

Le volet médical des certificats de décès est la seule source permettant de disposer des causes médicales de décès. En quoi, la faible implantation de la certification électronique a-t-elle pénalisé la connaissance actuelle sur la mortalité liée au COVID-19 ? 

La certification électronique constitue une source à la fois réactive et précise en termes d’information disponible pour les personnes décédées. Elle fournit des informations individuelles (âge, sexe, zone géographique de décès, type de lieu de décès) et les causes médicales de décès, permettant de suivre à la fois la mortalité associée à la COVID-19 et la mortalité non associée et de caractériser l’état de santé des personnes décédées. Cela peut contribuer à identifier de façon réactive les comorbidités et facteurs de risque favorisant la survenue des formes sévères de COVID-19.

Au moment de l’épidémie, le déploiement insuffisant et hétérogène de la certification électronique des décès sur le territoire n’a pas permis de produire une estimation robuste de l’impact direct et global de l’épidémie. En particulier, son déploiement hétérogène selon le type de lieu de décès, plus fréquemment utilisé en établissement hospitalier public et très rarement utilisé pour certifier la mortalité à domicile, n’autorise pas à généraliser les résultats observés à l’ensemble du territoire.

Des analyses approfondies seront nécessaires pour fournir une estimation finale de l’excès de mortalité directement et indirectement associé à la COVID-19, lorsque l’ensemble des certificats papier auront été reçus et traités par l’Inserm-CépiDc. Cette analyse est prévue pour la fin de l’année 2020 ou le début de l’année 2021.

Il est aujourd’hui fondamental de déployer dans les meilleurs délais l’utilisation de la certification électronique sur tout le territoire, que ce soit dans les structures de soins ou à domicile, afin d’assurer une surveillance exhaustive et réactive de la mortalité par cause de décès en routine et en particulier en cas de menace sur la santé de la population.

La surveillance de la mortalité en France : d’où viennent les chiffres ?

Une des missions de Santé publique France est l’analyse en routine des fluctuations de la mortalité toutes causes confondues, tout au long de l’année.

Hors épidémie de COVID-19, Santé publique France publie chaque semaine un suivi hebdomadaire des décès toutes causes confondues, avec un délai de 2 à 3 semaines nécessaire pour disposer d’une information fiable. Il est alors possible de comparer ce nombre avec le nombre de décès « attendu », qui tient compte de l’observation passée (données historiques) et de la saisonnalité des décès. Si le nombre de décès constatés s’écarte fortement du nombre de décès attendu sur une ou plusieurs semaines de suite, cela révèle l’existence de l’impact d’un évènement en cours sur la mortalité ou de l’existence d’un événement sanitaire entraînant une surmortalité. L’impact des épidémies d’ampleur comme la grippe saisonnière est ainsi bien identifié.

Compte tenu de la gravité de la COVID-19, Santé publique France a produit quotidiennement pour la Direction générale de la santé, une analyse sur les données non totalement consolidées afin d’être en mesure d’observer précocement des signaux d’alerte. Cette source de données a permis d’estimer aux niveaux national, régional et départemental, l’excès de mortalité toutes causes confondues au cours de l’épidémie de COVID-19, quel que soit le lieu du décès.

Pour la surveillance de l’épidémie de COVID-19, les données de mortalité toutes causes confondues ont été complétées par trois autres sources de données permettant une surveillance des décès directement associés à la COVID-19.

Les registres de décès : suivre l’évolution temporelle de la mortalité toutes causes et estimer un nombre attendu de décès afin de quantifier les éventuelles surmortalités engendrées par un phénomène sanitaire

L’Institut national de la statistique et des études économiques (Insee) gère le Répertoire national d’identification des personnes physiques (RNIPP) à partir duquel il met à jour mensuellement le nombre de décès en France. Les données d’état-civil relatives aux décès lui sont transmises par les mairies, de manière dématérialisée ou sous forme papier avec un certain délai, de façon encadrée par la loi.
Cette source ne comporte pas d’information sur les causes médicales de décès. Les données de mortalité « toutes causes » issues des mairies avec une transmission dématérialisée sont envoyées par l’Insee à Santé publique France pour analyse, à des fins de surveillance et d’alerte. Ce dispositif continu toute l’année permet de détecter et suivre des hausses de mortalité observées dans la population (en tenant compte de l’âge et de la zone géographique).

L’Agence s’appuie sur un échantillon de 3 000 communes, qui enregistre 77 % de la mortalité nationale (de 63 % à 96 % selon les régions) et permet l’utilisation d’un historique d’au moins six années de données. Si ces données ne permettent pas de fournir une quantification exhaustive du nombre des décès sur le territoire, elles permettent en revanche de suivre l’évolution temporelle de la mortalité et d’estimer un nombre attendu de décès afin de quantifier les éventuelles surmortalités engendrées par un menace sanitaire d’origine infectieuse (grippe), environnementale (canicule), accident industriel majeur, etc. Ces estimations s’appuient sur un modèle statistique établi et utilisé par 24 états/régions européens participant au consortium européen EuroMOMO.

L’identification d’une éventuelle tendance à la hausse ou à la baisse de la mortalité nécessite une consolidation minimale des données. Aussi, les données de mortalité issues de cet échantillon nécessitent un délai d’analyse d’une dizaine de jours à 10 jours, permettant de tenir compte des aléas de transmission des données (délais légaux de déclaration d’un décès à l’état-civil, délai de saisie des informations par le bureau d’état-civil, jours fériés, week-end allongés, ponts, vacances scolaires). 
Pour fournir une estimation de l’excès de décès survenu une semaine donnée, il faut habituellement un minimum de  3 à 4  semaines, délai nécessaire pour disposer de données stabilisées.

Des dispositifs de surveillance de la mortalité spécifique à la COVID-19 mis en place depuis le début de la pandémie

Des dispositifs de surveillance de la mortalité spécifique à la COVID-19 mis en place depuis le début de la pandémie

Plusieurs dispositifs de surveillance spécifique à la COVID-19 ont été mis en place dès le début de la pandémie permettant d’estimer le nombre journalier de décès directement associés à la Covid-19 :

  • le système d’information pour le suivi des victimes d’attentats et de situations sanitaires exceptionnelles (SI-VIC) permet la surveillance des décès survenus dans les établissements hospitaliers.
  • une surveillance complémentaire a été mise en place dans les collectivités de personnes âgées (Ehpad) et les établissements médico-sociaux (ESMS) afin d’estimer le nombre d’établissements touchés, le nombre de cas et de décès en lien possible avec la COVID-19. Ces décès sont enregistrés dans une application spécifique dès la survenue du décès au sein d’un de ces établissements.

La certification électronique des décès : un enjeu important pour la surveillance de la mortalité en période pandémique

La certification électronique des décès : un enjeu important pour la surveillance de la mortalité en période pandémique

Seuls le volet médical des certificats de décès contient les causes médicales de décès, protégés par le secret médical, et transmis au CépiDc (Centre d’épidémiologie des causes de décès), le centre spécialisé de l’Inserm en charge :

  • du codage des causes de décès selon la classification internationale des maladies, 10révision (CIM10) et les recommandations de l’OMS ;
  • de la production de la statistique publique des causes de décès.

La certification électronique a été mise en place à la suite de la canicule de 2003. Elle permet aux médecins de certifier les décès à travers une application sécurisée (accessible aussi sur mobile) mise à disposition par le CépiDc-Inserm (https://sic.certdc.inserm.fr). Les informations du volet médical sont envoyées au CépiDc dans les minutes qui suivent la validation du certificat et sont retransmises immédiatement à Santé publique France. Elles permettent à Santé publique France de connaître le profil des personnes décédées en termes d’âge, de sexe, de lieu de décès et de comorbidités. La certification électronique du décès permet d’avoir accès aux causes médicales de décès en temps quasi-réel, quel que soit son lieu de survenue (établissement de santé public ou privé, Ehpad, domicile).
Le déploiement de la certification électronique reste encore limité et hétérogène sur le territoire et selon le type de lieu de décès (principalement utilisée par les établissements hospitaliers). Début 2020, elle était utilisée pour certifier 20% des certificats de décès. Son déploiement a légèrement progressé pendant l’épidémie, enregistrant aujourd’hui près de 25% de la mortalité nationale.

Parmi les certificats électroniques de décès enregistrés pendant l’épidémie, les décès associés au COVID-19 ont été identifiés à partir des causes médicales déclarées par les médecins certificateurs. Bien que la mortalité enregistrée par voie électronique ne soit pas le reflet de la mortalité nationale du fait de son déploiement hétérogène sur le territoire, l’analyse des causes exprimées dans les certificats électroniques a permis de décrire les caractéristiques des personnes décédées en lien avec la COVID-19.

L’analyse de l’ensemble des certificats de décès (papier + électronique) permettra d’estimer le nombre de décès associés à la COVID-19 dans la mortalité générale enregistrée pendant l’épidémie. Les certificats papier ne seront toutefois disponibles qu’avec un délai de plusieurs mois.

Une généralisation de la certification électronique des décès rendra caduque la gestion lourde en organisation et coûteuse des certificats papier (approvisionnement des établissements et des médecins, gestion des certificats qui transitent par les ARS avant d’être renvoyés à l’Inserm).  De plus, ce système garanti un flux des données immédiat et sécurisé, non soumis aux aléas de transmission du certificat papier.

En savoir plus

Surveillance de la mortalité au cours de l'épidémie de COVID-19 du 2 mars au 31 mai 2020 en France

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En savoir plus :

La certification électronique des décès : Évolution de la certification électronique des décès en France de 2011 à 2018. Fouillet A, Pigeon D, Carton I, Robert A, Pontais I, Caserio-Schönemann C, et al. 2019, Bull Epidémiol Hebd, pp. (29-30):585-93.

Visualisation des données Centre d'épidémiologie sur les causes médicales de décès de l'Inserm sur la Covid-19

La surveillance syndromique et la mortalité

Le projet européen EuroMOMO

Les cohortes Sapris et Epicov