Projet SEQ4EPI

Le premier objectif du projet SEQ4EPI était de renforcer les activités existantes de surveillance génomique du SARS-CoV-2 menées à Santé publique France. Ces activités ont vocation à être progressivement étendues à d’autres maladies infectieuses à potentiel émergent. Une enquête a été menée auprès des CNR afin de mieux comprendre l’organisation de leurs activités de séquençage, les méthodes mises en œuvre et les besoins de la surveillance génomique des pathogènes inclus dans leurs mandats.

L’adaptation de la stratégie de surveillance génomique du SARS-CoV-2 aux évolutions de la situation épidémiologique a fait l’objet de plusieurs notes, telles que celle sur les différentes stratégies d’échantillonnage permettant de maintenir un suivi efficace des variants du SARS-CoV-2, dont les recommandations ont depuis été mises en œuvre. Des travaux complémentaires sont en cours avec le CNR Virus des Infections Respiratoires pour continuer la transition d’un modèle de réponse à la crise COVID-19 vers des modalités plus pérennes de surveillance. Les résultats de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 ont été inclus dans des publications régulières dédiées à la COVID-19 et qui ont évoluées vers une surveillance intégrée des infections respiratoires aigües (IRA), avec 35 bulletins COVID-19 et 26 bulletins IRA publiés sur notre site internet depuis le début du projet en octobre 2022.

En ce qui concerne la base de données EMERGEN-DB, une unité mixte de service en charge de sa maintenance et de son développement a été créée à l’INSERM. Cette base est essentielle aux activités du projet SEQ4EPI. Santé publique France a suivi et accompagné ce transfert pour s’assurer de la continuité de l’accessibilité de ces données et du maintien d’un fonctionnement adapté aux besoins des acteurs de la santé publique dont Santé publique France, les CNR et l’Anses.

Le projet SEQ4EPI s’inclut dans des travaux plus larges de pérennisation du consortium EMERGEN après la sortie de la pandémie. Un nouvel accord de consortium pour EMERGEN 2.0 est en cours d’élaboration. Des discussions ont été initiées avec l’Anses pour renforcer l’axe OneHealth d’EMERGEN. Un nouveau groupe de travail a été créé au sein du dispositif SUM’Eau de détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées afin d’étudier l’intérêt pour la santé publique du séquençage dans les eaux usées.

Le second objectif de SEQ4EPI est la création d’outils d’analyses permettant de suivre la dynamique de circulation du SARS-CoV-2 et d’autres virus à partir de méthodes bioinformatiques, phylogénétiques et phylodynamiques.

Le CNR Virus des Infections Respiratoires a développé des méthodes bioinformatiques de détection précoce de variants du SARS-CoV-2 porteurs de mutations pouvant affecter la détection du virus, utilisées en routine et améliorées au cours du temps. Cet outil permet de détecter les mutations qui peuvent affecter la reconnaissance du virus par les amorces et sondes afin de suivre en temps réel la robustesse des tests de détection RT-qPCR. Pour cela, il compare les séquences de ces amorces et sondes avec l’ensemble des génomes en circulation et attribue un score selon les mutations présentes au site d’interaction des amorces et sondes. Les scores ainsi attribués permettent d’évaluer l’impact des mutations sur la sensibilité des tests RT-qPCR. Un outil similaire pour évaluer l’échappement aux méthodes de séquençage est en cours de développement.

• En savoir plus sur ces deux outils bioinformatiques

En parallèle, le CNR Virus des Infections Respiratoires travaille sur la détection de clusters potentiels à partir des séquences de SARS-CoV-2. Cet outil se base sur une combinaison de la phylogénétique (évaluation des données génomiques) et des métadonnées (localisation, date, etc…) pour reconstruire des chaînes de transmission potentielles. Les données génomiques et phylogénétiques peuvent aussi permettre de déterminer des paramètres épidémiologiques (comme le taux de reproduction R) à partir de modèles phylodynamiques (e.g. Beast).

Le troisième objectif de SEQ4EPI est d’assurer la disponibilité des ressources humaines nécessaire (épidémiologistes à Santé publique France), au niveau national et régional, pour l’investigation de signaux, l’animation des réseaux de laboratoire et les analyses de risque. Ces épidémiologistes se rencontrent toutes les deux semaines pour se coordonner sur les activités en cours, en complément des échanges au fil de l’eau. Au cours des 18 premiers mois du projet, les activités ont évolué d’une majorité de surveillance de routine, qui représentait une charge de travail importante pour les équipes régionales et nationales, à des projets prospectifs. 

Les équipes d’épidémiologistes de Santé publique France sont en charge des activités de surveillance des variants du SARS-CoV-2, en particulier de :

1. l’organisation des enquêtes Flash chaque semaine,
2. la rétro-information des laboratoires avec l’envoi de 137 bulletins EMERGEN régionaux,
3. le suivi des données de surveillance et l’identification de signaux,
4. la communication des résultats dans les bulletins épidémiologiques hebdomadaires et l’élaboration de 18 analyses de risque. Un groupe de travail a proposé un nouveau format pour ces analyses de risque qui est utilisé depuis mars 2024. 

Suite à l’émergence du variant BA.2.86 en août 2023, des investigations des cas d’infection par ce variant ont été réalisées afin d’évaluer ses caractéristiques et évaluer son impact en santé publique. Plus de 200 cas ont été notifiés aux épidémiologistes des cellules régionales et 147 d’entre eux ont été interrogés avec un questionnaire standardisé. Les résultats de ces investigations ont été publiés dans l’analyse de risque du 11/12/2023 et inclus dans une publication scientifique (en cours de finalisation).