Depuis 2022, la réponse à la pandémie de COVID-19 a progressivement quitté le domaine de la gestion de crise exceptionnelle et tend à se normaliser. Dans ce but, les systèmes de surveillance mis en place pendant la crise, dont ceux de surveillance des variants du SARS-CoV-2, doivent s’intégrer aux structures existantes et se préparer pour de futures émergences en s’adaptant à d’autres pathogènes.
Source de financement
Dans le cadre du programme-cadre EU4HEALTH, la Commission Européenne a lancé en avril 2022, via son agence exécutive HaDEA, un nouvel appel à projet destiné aux pays ayant déjà bénéficié d’un financement de l’ECDC. Cet appel à projet visait en effet à consolider le développement des infrastructures WGS et/ou RT-PCR récemment mises en place et à les intégrer dans des activités de routine, et à faire à terme une composante pleinement intégrée des systèmes nationaux de santé publique.
Objectifs du projet : SEQ4EPI (séquençage des pathogènes pour l’épidémiologie)
Le projet SEQ4EPI, porté par Santé publique France et le CNR Virus des Infections Respiratoires, a pour objectif de soutenir la pérennisation des systèmes de surveillance génomique construits pendant la pandémie et de les préparer à de futures crises en renforçant l’activité de surveillance génomique dans ses différentes dimensions (extension à d’autres pathogènes, développement des outils d’analyse génomique, renforcement des capacités d’analyse épidémiologique) sur une durée de 3 ans (01/10/2022 – 30/09/2025). Les objectifs du projet SEQ4EPI se divisent donc en deux temps :
- en 2022/2024, la pérennisation de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 et son intégration dans les activités de routine ;
- en 2023/2025, l’extension progressive des systèmes mis en place pour les SARS-CoV-2 à d’autres pathogènes à fort potentiel émergent. Cette extension débutera avec d’autres virus respiratoires (grippe, VRS) mais ne s’y limitera pas.
Les activités prévues dans le projet SEQ4EPI ont pour objectifs de :
- renforcer les activités de coordination de Santé publique France afin de consolider les activités de surveillance génomique existantes mises en place pour le SARS-CoV-2 et de les étendre progressivement à d’autres pathogènes émergents, dont d’autres virus respiratoires ;
- définir et mettre en place des outils d’analyse pour mieux surveiller les épidémies virales, pour le SARS CoV-2 et autres virus, basés sur des techniques bio-informatiques, phylogénétiques et phylodynamiques ;
- maintenir une équipe d’épidémiologistes au niveau national et régional pour l’investigation des signaux, l’animation du réseau de laboratoires et l’analyse des risques.