Point épidémiologique COVID-19 du 28 octobre 2021 - Accélération de la circulation du SARS-CoV-2 sur le territoire : la reprise épidémique se confirme

En semaine 42 (du 18 au 24 octobre 2021), la reprise de la circulation virale s’est confirmée en métropole, avec une nouvelle hausse du taux d’incidence. L’augmentation du R-effectif (>1 depuis la semaine 41) indique une accélération de la circulation du SARS-CoV-2 sur le territoire. 

Publié le 29 octobre 2021

Le taux d’incidence dépassait 50 pour 100 000 habitants dans 44 départements métropolitains. Les admissions à l’hôpital et en soins critiques sont à nouveau en hausse. En Guyane, la diminution du taux d’incidence et des nouvelles hospitalisations s’est poursuivie. Au 26 octobre, 76,2% de la population avait reçu au moins une dose de vaccin et 74,3% était complètement vaccinée. Parmi les 65 ans et plus, 16,9% avaient reçu une dose de rappel. Dans un contexte d’augmentation de la circulation du SARS-CoV-2 et des virus hivernaux, notamment chez les plus âgés, il est primordial d’encourager la vaccination des personnes non vaccinées contre la COVID-19 ainsi que l’administration du rappel aux 65 ans et plus éligibles, et de maintenir l’adhésion aux gestes barrières à un haut niveau, compte tenu de l’efficacité de ces mesures pour contenir l’épidémie et préserver le système de soins.

Le taux d’incidence continue d’augmenter sur le territoire

Au niveau national, le taux d’incidence était de nouveau en augmentation (+14%) en semaine 42 avec 55 nouveaux cas pour 100 000 habitants (vs 48 en S41). En moyenne, 5 276 cas ont été diagnostiqués par jour. Le taux d’incidence était en augmentation dans toutes les classes d’âge, excepté chez les 20-29 ans (-6%). La hausse était modérée chez les 30-39 ans (+6%) et plus marquée chez les 60 ans et plus. Avec la fin du remboursement systématique des tests, le taux de dépistage, incluant tests antigéniques et PCR (autotests exclus), a fortement diminué (-21% en S42) pour atteindre 3 147/100 000 habitants. Cette baisse était observée dans toutes les classes d’âge, à l’exception des moins de 20 ans chez qui le taux de dépistage est resté stable. Les plus fortes diminutions étaient observées chez les 20-39 ans. Le taux de positivité a augmenté de 0,5 point à 1,7%. Chez les personnes testées symptomatiques, le recours au dépistage est resté stable et le nombre de cas confirmés a augmenté de 25%confirmant la reprise de la circulation du virus observée au niveau national. La baisse du recours au dépistage a eu un effet limité sur le nombre de cas confirmés au niveau national en raison d’un taux de positivité très faible chez les asymptomatiques (<1,0%).

En France métropolitaine, le taux d’incidence était en augmentation ou stable dans toutes les régions. Il atteignait 73/100 000 habitants en Pays de la Loire (+52%) et Provence-Alpes-Côte d’Azur (+1%), et 71 en Île-de-France (-0,2%). Il était en augmentation dans près des trois-quarts des départements. Le taux de dépistage était en diminution dans toutes des régions. En Outre-mer, le taux d’incidence a poursuivi sa baisse en Guyane (-15%) et s’est stabilisé en Martinique (+5%) et en Guadeloupe (-3%).

Légère augmentation des indicateurs hospitaliers

Le nombre de nouvelles hospitalisations a légèrement augmenté (1 281, +2%), avec une hausse plus élevée des nouvelles admissions en soins critiques (346, +12%). Au 26 octobre, 6 506 patients COVID-19 étaient hospitalisés, dont 1 062 en soins critiques.

En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations et admissions en soins critiques étaient en augmentation ou stables dans toutes les régions. Les taux les plus élevés étaient en Provence-Alpes-Côte d’Azur, Île-de-France et Pays de la Loire. En Outre-mer, le taux de nouvelles hospitalisations a poursuivi sa baisse en Guyane et était en baisse en Martinique et en Guadeloupe

Le variant Delta représente 100% des virus circulant en France

La mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) était détectée dans 96,4% des prélèvements positifs criblés en semaine 42 (vs 95,8% en S41). Les données de séquençage confirment la très nette prédominance du variant Delta, qui était identifié dans 100% des séquences interprétables en France métropolitaine lors des enquêtes Flash #26 (28/09) et Flash #27 (05/10) (données non consolidées). En Outre-mer, le variant Delta représentait également 100% des séquences interprétables lors des enquêtes Flash #25 (21/09) et Flash #26 (28/09, données non consolidées).

Delta est aussi largement dominant à l'échelle internationale. Il représentait 98,9% des prélèvements séquencés entre le 26 septembre et le 26 octobre, d’après la base de données GISAID.

Le sous-lignage de Delta AY.4.2 sous surveillance

Toute augmentation récente et rapide d’un variant par rapport à l’ensemble des autres souches virales circulantes est un signal à suivre de près, car elle peut être liée à une compétitivité accrue (transmissibilité augmentée, échappement à l’immunité post-vaccinale).

L’évolution du sous-lignage AY.4.2 du variant préoccupant (VOC) Delta AY.4, dont la fréquence parmi l’ensemble des prélèvements séquencés a été multipliée par 10 en une dizaine de semaines au Royaume-Uni, fait l’objet d’un suivi renforcé au niveau international et en France.

En France métropolitaine, ce sous lignage AY.4.2 a été détecté de manière très faible. La base de données EMERGEN (au 18/10/2021) a permis d'identifier 19 séquences ayant ce profil caractéristique de AY.4.2, porteurs des mutations Y145H et A222V. Ces séquences ont une date de prélèvement se situant entre les semaines 35 et 39.

Des analyses expérimentales et épidémiologiques sont en cours pour caractériser le risque lié à ce variant par les autorités anglaises (transmissibilité augmentée de AY.4.2 par rapport aux autres sous-lignages de Delta). A ce stade rien n’indique que l’augmentation de l’incidence des cas confirmés de COVID-19 actuellement observée en Angleterre soit uniquement due à la diffusion du variant AY.4.2.

Pour rappel, le consortium EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne), coordonné par Santé publique France et l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, a été créé en janvier 2021 pour renforcer les capacités françaises de surveillance génomique et de recherche sur les variants du SARS-CoV-2 en France.

Près de 17% des 65 ans et plus ont reçu une dose de rappel

Le 26 octobre, 76,2% de la population avait reçu au moins une dose, 74,3% pour une vaccination complète. Chez les 65 ans et plus, la couverture vaccinale de la dose de rappel s’élevait à 16,9%.

92,0 % des résidents en Ehpad (établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes) ou USLD (unité de soins de longue durée) étaient complètement vaccinés et 50,0% avaient reçu une dose de rappel.

Chez les professionnels de santé libéraux, 95,9% étaient complètement vaccinés et 11,7% avaient reçu une dose de rappel.

Parmi les personnes de plus de 15 ans identifiées comme étant en situation de précarité, 73,3% étaient complétement vaccinées et 4,5% avaient reçu la dose de rappel.

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