EPIBAC

Organisation de la surveillance

Les partenaires de la surveillance

En 2024, les biologistes des laboratoires réalisant la bactériologie d’établissements de santé et ayant participé au réseau Epibac sont les suivants :

• Liste des correspondants

Le réseau des laboratoires

Le réseau de laboratoires de microbiologie a été créé en 1982 et recueille des données informatisées et individuelles depuis 1991. La participation repose sur le volontariat et seuls les laboratoires, ayant fourni les données durant les douze mois de l’année, sont considérés comme participant au réseau Epibac. La mise à jour continue du fichier Epibac tient compte des regroupements de laboratoires entre établissements ou à l’intérieur d’une même entité juridique. Depuis 2010, le réseau Epibac a été étendu aux départements et régions d’outre-mer (DROM).

La constitution de la base nationale

En France hexagonale, ce réseau de surveillance est constitué d’établissements susceptibles de prendre en charge les patients atteints des pathologies surveillées par Epibac. Il s’agit d’établissements hospitaliers publics et privés réalisant une activité annuelle d’au moins 5 000 admissions en médecine de court séjour ou exerçant une activité de pédiatrie.

Dans les DROM, la base a été constituée, pour chacun des départements, de tous les établissements de santé accueillant des patients atteints des pathologies surveillées par Epibac quel que soit leur statut et leur volume d’activité.

La définition de cas pour la surveillance Epibac

Les infections invasives ont été définies par un isolement d’une bactérie et / ou une PCR positive* dans le sang pour la bactériémie et / ou dans le liquide cérébro-spinal (LCS) pour la méningite. Les bactéries étudiées sont : Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis*, Listeria monocytogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes (streptocoque du groupe A) et Streptococcus agalactiae (streptocoque du groupe B).

^{* La méthode de détection par PCR est retenue dans la définition de cas à partir de 2009.}

Le recueil de données

De 1982 à 1990, les données recueillies concernaient toutes les bactéries isolées dans le sang ou le LCS et étaient relevées sur deux fiches : une pour les hémocultures positives et une pour les LCS positifs.

À partir de 1991, le recueil s’est effectué sur une seule fiche ce qui a permis de distinguer les bactériémies isolées (infection avec isolement dans le sang sans isolement associé dans le LCS).

Un recueil semestriel ou annuel est réalisé par le laboratoire et adressé à Santé publique France. Pour chaque prélèvement, sont recueillis : le site et la date, la méthode de détection de la bactérie, la date de naissance et le sexe du patient, le sérogroupe si approprié, le nom et adresse du laboratoire de microbiologie qui fournit les données. Il peut s’agir du laboratoire préleveur ou de celui qui réalise les analyses selon leur organisation. Un dédoublonnage des cas est réalisé sur les variables suivantes : le site et la date de prélèvement, la date de naissance et le sexe du patient, la bactérie identifiée et le département du laboratoire.

Méthode d’estimation de l’incidence nationale

Une estimation annuelle de l’incidence est réalisée pour tenir compte d’une sous-notification des cas de laboratoires participants et de la couverture partielle du réseau.

L'exhaustivité du réseau

L'exhaustivité du réseau correspond au nombre de cas déclarés par les laboratoires participants rapporté à l’ensemble des cas estimés. Elle a été évaluée à travers plusieurs études de capture-recapture qui ont permis de mesurer au sein de ce réseau la sous-notification des cas pour la France hexagonale.

Le taux d’exhaustivité des données transmises par les laboratoires participants a été estimé à partir de 2002 et variait entre 74 et 89 % selon les années et les bactéries étudiées. Dans l’hexagone, la valeur appliquée de ce taux annuel est de 80 %. Dans les DROM, ce taux est aussi utilisé sans qu’une mesure spécifique ait été réalisée.

La couverture du réseau

Jusqu’en 2021, dans les bulletins Epibac, la couverture du réseau était annuellement calculée en rapportant le nombre de séjours en médecine des établissements dont la microbiologie était assurée par les laboratoires d’Epibac au nombre total de séjours en médecine au niveau national. Ces données d’hospitalisation en médecine sont fournies par l’enquête Statistique Annuelle des Etablissements de santé publics et privés (SAE) réalisée par la Drees. Le taux de couverture utilisé pour l’extrapolation n’était pas spécifique de l’âge, de l’étiologie bactérienne, du tableau clinique (bactériémie/méningite) des cas. 

À partir de 2023, la méthode de calcul de la couverture du réseau a été adaptée afin de prendre en compte certaines caractéristiques sociodémographiques des cas ainsi que l’activité et la région des établissements de santé couverts par le réseau. Elle est basée sur les données du Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information (PMSI). Dans le PMSI, les séjours hospitaliers MCO (Médecine, Chirurgie, Obstétrique) pour une pathologie répondant à la définition de cas Epibac ont été sélectionnés sur la base des codes diagnostics renseignés (codes CIM-10 ou association de codes CIM-10 identifiant chacune des infections invasives surveillées par ce réseau). Depuis 2013, dans la base de données du PMSI, les établissements de soins sont renseignés par site géographique et non plus uniquement par entité juridique. Les taux de couverture du réseau ont donc été calculés annuellement à partir de 2013. Pour les années antérieures (2000 à 2012), un taux de couverture moyen équivalent à celui des années allant de 2013 à 2019 a été calculé.

Au niveau national, la couverture annuelle du réseau est calculée en rapportant le nombre de séjours répondant à la définition de cas Epibac des établissements de santé dont les diagnostics microbiologiques sont assurés par les laboratoires d’Epibac au nombre total de ces séjours en France par classe d’âge et par étiologie bactérienne.

L’estimation de l'incidence nationale

L’incidence des infections invasives bactériennes est estimée après deux traitements statistiques :

• redressement par le taux d’exhaustivité du nombre de cas déclarés par les laboratoires participants au réseau. Ce traitement permet de corriger le biais de sous-notification des cas ;
• extrapolation par le taux de couverture du nombre de cas estimés à partir de l’activité hospitalière des établissements de santé. Ce traitement permet d’estimer un nombre total de cas en France.

Les taux d’incidence par année et par classe d’âge sont calculés en rapportant le nombre estimé de cas par pathologie au nombre de personnes résidant en France pour l’année concernée (source : Insee**).

^{**A partir de 2006, les projections de population de l’Insee utilisées jusqu’alors ont été remplacées par les estimations localisées de population (ELP). Les tableaux comparatifs pour les années antérieures depuis 1991 ont été corrigés.}

Bulletin du réseau de surveillance des infections invasives bactérienne

Pour les bulletins publiés depuis 2023, les indicateurs ont été estimés avec la nouvelle méthode de calcul de la couverture du réseau et ceci depuis 2003.