EPIBAC

Les infections invasives (méningites et bactériémies) d’origine bactérienne sont une des principales causes de morbidité sévère et de mortalité chez l’adulte et chez l’enfant. Ces maladies sont surveillées depuis 1987 par le réseau Epibac.

Publié le 29 avril 2019

Organisation de la surveillance

Les partenaires de la surveillance

En 2017, les biologistes des laboratoires de bactériologie des centres hospitaliers suivants ont participé au réseau Epibac :

Le recensement des laboratoires hospitaliers

Un réseau de laboratoires de microbiologie a été créé en 1982 par le Laboratoire National de la Santé (LNS) en sollicitant tous les microbiologistes hospitaliers (environ 420) recensés dans le fichier de contrôle de qualité des laboratoires géré par le LNS. Les laboratoires couvrant des établissements n’ayant pas de service de médecine n’ont pas été inclus dans le fichier. En janvier 1993, la gestion du réseau Epibac a été transférée au Réseau National de Santé Publique (RNSP) qui est devenu l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) le 9 mars 1999. Enfin, en mai 2016, Santé publique France, l’agence nationale de santé publique a été créée, regroupant l’InVS, l’Institut national de prévention et d’éducation en santé (INPES) et l’Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires (EPRUS). La participation repose sur le volontariat et seuls les laboratoires, ayant fourni les données durant les douze mois de l’année, sont considérés comme participant au réseau Epibac. La mise à jour continue du fichier Epibac tient compte des regroupements de laboratoires entre établissements ou à l’intérieur d’une même entité juridique. Depuis 2010, le réseau Epibac a été étendu aux départements et régions d’outre-mer (DrOM).

La constitution de la base nationale d'extrapolation

En métropole, aux établissements hospitaliers universitaires et non universitaires sont ajoutés tous les établissements susceptibles de prendre en charge les patients atteints des pathologies surveillées par Epibac. Ce sont les établissements privés réalisant une activité annuelle d’au moins 5 000 admissions en médecine de court séjour ou exerçant une activité de pédiatrie. En 1996, 72 établissements de cette catégorie ont été sollicités pour répondre à une enquête où 94 % des établissements répondants déclaraient prendre en charge les patients atteints de méningite ou de bactériémie (enquête interne).
Dans les DrOM, la base d’extrapolation a été constituée, pour chacun des départements, de tous les établissements de santé accueillant des patients atteints des pathologies surveillées par Epibac quel que soit leur statut et leur volume d’activité.

La définition de cas pour la surveillance Epibac

Les infections invasives ont été définies par un isolement d’une bactérie et / ou une PCR positive* dans le sang pour la bactériémie et / ou dans le liquide céphalo-rachidien (LCR) pour la méningite. Les bactéries étudiées sont : Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Listeria monocytogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes (streptocoque groupe A) et Streptococcus agalactiae (streptocoque groupe B). La présence des antigènes solubles, non associée à un prélèvement bactérien positif par culture ou PCR, n’est pas retenue.

* La méthode de détection par PCR est retenue dans la définition de cas à partir de 2009.

Le recueil de données

De 1982 à 1990, les données recueillies concernaient toutes les bactéries isolées dans le sang ou le LCR et étaient relevées sur deux fiches : une pour les hémocultures positives et une pour les LCR positifs.
A partir de 1991, le recueil s’est effectué sur une seule fiche ce qui a permis de distinguer les bactériémies isolées (infection avec isolement dans le sang sans isolement associé dans le LCR).
Un recueil mensuel est réalisé par le laboratoire et adressé à Santé publique France. Pour chaque isolement, sont recueillis : le site et la date de prélèvement, la méthode de détection de la souche, l'âge et le sexe du patient, le sérogroupe si approprié, le nom et adresse du laboratoire de microbiologie.

Méthode d’estimation de l’incidence nationale

La couverture du réseau Epibac

est calculée en rapportant le nombre d’admissions en médecine des établissements dont la microbiologie est assurée par les laboratoires d’Epibac ayant participé douze mois au nombre total d’admissions en médecine au niveau national (cf. supra). Ces dernières données sont fournies par l’enquête Statistique Annuelle des Etablissements de santé publics et privés (SAE) réalisée par la Direction de la Recherche des Etudes de l’Evaluation et des Statistiques (Drees).

L'exhaustivité du réseau

correspond au taux d’exhaustivité de la déclaration des cas au sein du réseau Epibac, c'est-à-dire par les laboratoires participants. Elle a été estimée à travers plusieurs études qui ont permis de mesurer au sein du réseau Epibac la sous-notification des cas pour la France métropolitaine. Le taux d’exhaustivité des données fournies par les laboratoires participants a été estimé entre 74 et 94 % selon les années et les bactéries étudiées. Par souci de comparabilité avec les années où le taux d’exhaustivité n’était pas connu, seules les données de l’année la plus récente sont corrigées pour l’exhaustivité quand elles sont présentées isolément.

Les estimations au niveau national

Deux estimations sont réalisées :
L’estimation du nombre de cas redressé pour la couverture d’Epibac, permet d’étudier l’évolution annuelle des différentes pathologies depuis 1991.
L’estimation du nombre de cas redressé pour le défaut de couverture et corrigé pour la sous-notification au sein du réseau est celle utilisée pour les données de l’année en cours.

L'incidence

globale et par classes d’âge est calculée, annuellement, en rapportant le nombre estimé de cas par pathologie au nombre de personnes résidant en France métropolitaine et ultramarine pour l’année concernée (source : Insee**).

**A partir de 2006, les projections de population de l’Insee utilisées jusqu’alors ont été remplacées par les estimations localisées de population (ELP). Les tableaux comparatifs pour les années antérieures depuis 1991 ont été corrigés

ContactsAfficherMasquer

Santé publique France

A Saint-Maurice : Direction des maladies infectieuses – Unité infections respiratoires et vaccination – 12 rue du Val d’Osne - 94415 Saint Maurice – Courriel : EPIBAC@santepubliquefrance.fr

Scarlett Georges, chargée d’études scientifiques - animatrice du réseau Epibac

Tél. : 01 41 79 69 44

Dr Kostas Danis, médecin épidémiologiste

Tél. : 01 55 12 53 34

Dr Daniel Lévy-Bruhl, responsable de l'unité infections respiratoires et vaccination

Tél. : 01 41 79 67 41

Edith Laurent, assistante d'informations Epibac

Tél. : 01 41 79 67 21
Fax : 01 41 79 67 69

Mireille Allemand, assistante (secrétariat)

Tél. : 01 41 79 68 74

Centres nationaux de référence (CNR)

La liste des CNR pour la période 2017-2022.

CNR des Listeria
Institut Pasteur
Unité de Biologie des Infections
25-28, rue du Docteur Roux
75 724 PARIS CEDEX 15
Nom du responsable : Pr Marc Lecuit
Tél. : 01 40 61 31 12 - Fax : 01 40 61 35 67
Alexandre Leclercq : 01 40 61 31 12
Courriel : listeria@pasteur.fr
Site CNR Listeria : https://www.pasteur.fr/fr/node/2455

CNR des Méningocoques et Haemophilus influenzae
Institut Pasteur
Unité des Infections Bactériennes Invasives
25-28, rue du Docteur Roux
75 724 PARIS CEDEX 15
Nom du responsable : Dr Muhamed-Kheir Taha
Tél. : 01 45 68 84 38 - Adjoint : 01 44 38 95 90 - Laboratoire : 01 40 61 38 83 - Secrétariat : 01 40 61 31 08 - Fax : 01 40 61 30 34
Courriel : meningo@pasteur.fr // muhamed-kheir.taha@pasteur.fr
Site CNR Méningocoques : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/meningocoques

CNR des Pneumocoques
Centre Hospitalier Intercommunal
Bâtiment B, 4ème étage
40 Avenue de Verdun
94000 Créteil
Nom du responsable : Dr Emmanuelle Varon
Tél. : 01 57 02 28 66 - Fax : 01 57 02 22 89
Courriel : emmanuelle.varon@aphp.fr
Site CNR Pneumocoques : http://cnr-pneumo.com/

CNR des Streptocoques
AP-HP Cochin
Service de Bactériologie
APHP - Groupe hospitalier Paris Centre
27, rue du Faubourg Saint-Jacques
75 014 PARIS
Nom du responsable : Pr Claire Poyart
Tél. : 01 58 41 15 60 - Adjointe : 01 58 41 27 88 - Secrétariat : 01 58 41 15 61 - Fax : 01 58 41 15 48
Courriel : cnr.strep@cch.aphp.fr // claire.poyart@aphp.fr
Site CNR Streptocoques : http://www.cnr-strep.fr