Présentation et contexte de l’appel à manifestation d’intérêt
La pandémie de COVID-19 et l’émergence de variants du SARS-CoV-2 dont les caractéristiques de transmissibilité sont susceptibles de modifier la dynamique de l’épidémie en France ont souligné la nécessité de renforcer les capacités de surveillance génomique du SARS-CoV-2. L’objectif de cette surveillance est de détecter l'émergence et de suivre la distribution spatio-temporelle de virus présentant des mutations susceptibles d'avoir des conséquences fonctionnelles, comme par exemple l’infectiosité, la contagiosité, la virulence ou l’échappement immunitaire.
En France, la surveillance génomique relève des missions du Centre National de Référence (CNR) Virus des infections respiratoires (Institut Pasteur) et de ses laboratoires associés (Hospices civils de Lyon et Institut Pasteur de la Guyane) ; elle est conduite en lien étroit avec Santé publique France. L’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 a rendu nécessaire d’adjoindre d’autres capacités de séquençage à celles d’ores et déjà mises en œuvre par le CNR, afin de permettre un suivi plus précis de la circulation des variants sur le territoire national.
A cette fin, les Ministères en charge de la Santé et de la Recherche ont décidé de mettre en œuvre un projet d’envergure afin d’augmenter ces capacités de séquençage en France. Dénommé EMERGEN, ce projet a été mis en œuvre à partir de janvier 2021 et inclut plusieurs work packages dédiés à la collecte des prélèvements biologiques, aux plateformes en charge du séquençage, à l’infrastructure bioinformatique permettant la centralisation, l’analyse et le partage des données génomiques et métadonnées afférentes, à l’utilisation de ces données pour la santé publique ou pour la recherche.
L’appel à manifestations d’intérêt a pour objectif de compléter les capacités de séquençage génomique du SARS-CoV-2 à des fins de surveillance (sélection aléatoire) par un volume complémentaire cumulé pouvant atteindre, en fonction du niveau de l’épidémie, jusqu’à 5 000 séquences hebdomadaires.
Modalités de candidature
Les candidatures doivent parvenir au plus tard le vendredi 11 juin à 12h00 (heure française). Toute candidature reçue après cette date limite sera écartée.
Par courrier postal à l’adresse suivante : Santé publique France – Direction des Maladies Infectieuses, à l’attention de l’équipe EMERGEN, 12 rue du Val d’Osne, 94410 Saint-Maurice.
Par courrier électronique à l’adresse suivante : ami-emergen@santepubliquefrance.fr (un accusé de réception sera alors envoyé à l’expéditeur comme confirmation de bonne réception).
Sélection des candidats retenus
La sélection des candidats aura lieu en deux temps.
- Une première sélection sur la base de l’examen du dossier de candidature permettant d’arrêter la liste des candidats admis à transmettre une série de 10 séquences avec les données/métadonnées associées en vue de la vérification, en situation réelle, par le CNR et l’IFB, de leur conformité avec les prescriptions du cahier des charges.
- La désignation finale des candidats retenus sur la base des résultats de l’analyse, en situation réelle, de la conformité des séquences et données/métadonnées transmises au regard des prescriptions du cahier des charges.
Calendrier prévisionnel
- Publication de l’AMI : 26/05/21
- Remise des dossiers de candidature : 11/06/21
- Sélection des candidatures pour la phase de vérification en situation réelle : 30/06/21
- Demande de remontée de prélèvements : à partir du 30/06/21
- Analyse des prélèvements remontés : environ 3 semaines
- Réponse aux candidats : autour du 27/07/21
Questions-réponses
Un laboratoire basé à l’étranger peut-il candidater à l’AMI-EMERGEN ?
Pour qu’un laboratoire étranger puisse candidater à cet appel à manifestation d’intérêt, il doit remplir les attendus précisés dans le texte de l’AMI et le cahier des charges associé.
Notamment, concernant la provenance des prélèvements RT-PCR positifs pour le SARS-CoV-2, l’AMI-EMERGEN vise à augmenter les capacités de séquençage en France afin d’assurer un suivi des variants sur le territoire national français. Ainsi, les prélèvements séquencés par le plateau technique du laboratoire candidat, d’une part, et remontés vers une des plateformes publiques, d’autre part doivent provenir du territoire national français uniquement. Egalement, la rémunération des laboratoires retenus se fera via une tarification à l’acte de l’Assurance maladie, la laboratoire candidat doit donc s’assurer préalablement qu’il peut en bénéficier.
Quels sont les volumes de séquençages escomptés par plateforme additionnelle sélectionnée dans le cadre de l’AMI-EMERGEN ?
Dans le cadre de l’AMI EMERGEN, il est fait appel aux laboratoires de biologie médicale disposant, pour un plateau technique donné, des moyens humains et matériels permettant a minima la réalisation hebdomadaire de 1 000 séquences à partir de prélèvements RT-PCR positifs pour le SARS-CoV-2.
Un industriel peut-il candidater à l’AMI ?
Pour pouvoir candidater à cet AMI, le candidat doit être un LBM et doit remplir les attendus précisés dans le règlement de consultation de l’AMI et le cahier des charges associé.
La rémunération des laboratoires retenus se fera via une tarification à l’acte de l’Assurance maladie, le candidat doit donc s’assurer préalablement qu’il peut en bénéficier.
Un industriel peut-il mettre à disposition sa plateforme technique NGS à un LBM ?
C’est au LBM candidat de décrire dans son dossier de candidature les modalités techniques et organisationnelles lui permettant de répondre aux attendus du cahier des charges.
Pour cela, il devra se reporter en particulier au point 2.2 - contenu du dossier de candidature du texte de l’AMI (le dossier devra comprendre notamment une description des méthodologies utilisées, du workflow utilisé pour les analyses de séquençage, des moyens humains et matériels du plateau technique, de l’expérience du Laboratoire et de son plateau technique en termes de séquençage de pathogènes infectieux selon la méthode NGS, etc…).
Par quel moyen doit-on envoyer les séquences consensus et les FastQ via EMERGEN-DB ?
Tous les fichiers (lectures brutes, génome consensus, variants, métadonnées) seront transférés vers un prestataire tiers de confiance, qui assurera l'encryptage de toutes les informations sensibles (clés de pseudonymisation) et le dépôt sur le serveur de l'Institut Français de Bio-informatique, qui se chargera des étapes suivantes (validation de la conformité et de la qualité, intégration dans la base de données EMERGEN-DB, soumission aux dépôts internationaux).
Quelle est la volumétrie de prélèvements et de séquences à transmettre ?
Santé publique France précisera à chaque plateforme retenue à la fois le volume de séquences à effectuer et le volume des prélèvement à transmettre.
Ces volumétries seront définies au plus tard le 25 de chaque mois par Santé publique France qui informera du volume à séquencer.
Quels types de prélèvements seront séquencés dans le cadre de cet AMI pour les laboratoires retenus ?
Le présent AMI décrit le cadre dans lequel les laboratoires manifestant un intérêt pour compléter les capacités de séquençage du SARS-CoV-2 doivent répondre. Les laboratoires retenus seront amenés à séquencer les prélèvements sélectionnés de manière aléatoire par le laboratoire à des fins de surveillance. En parallèle de cet AMI, les ARS pourront solliciter des laboratoires afin d’effectuer du séquençage à visée interventionnelle (ex : cluster).
Quel type de laboratoire peut candidater ?
Pour qu’un laboratoire de biologie médicale puisse candidater à cet appel à manifestation d’intérêt, il doit remplir les attendus précisés dans le texte de l’AMI et le cahier des charges associé.
Également, la rémunération des laboratoires retenus se fera via une tarification à l’acte de l’Assurance maladie, la laboratoire candidat doit donc s’assurer préalablement qu’il peut en bénéficier.
Les données à transmettre dans EMERGEN comprennent-elles les données qui seront nécessaires à l’IFB pour soumettre les séquences dans GISAID ?
Le document utilisé pour soumettre les données sur EMERGEN-DB sera amené à évoluer de sorte à combiner toutes les informations nécessaires pour GISAID et EMERGEN en un seul document.
Comment a été établie la liste des variants à détecter dans le document téléchargeable sur EMERGEN DB ?
Les sous-clades ont été choisies sur la base des analyses de risque menées par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires (dont la grippe) ainsi qu’à partir de la liste affichée sur le site covariants.org et des détections qui ont été faites jusqu’à présent par les différents laboratoires qui ont réalisé le séquençage. Cette liste est régulièrement mise à jour donnant lieu à une nouvelle version du document téléchargeable sur EMERGEN-DB.
Que faire en cas de détection de variants dont le profil mutationnel est atypique ?
Lors de la détection d’un variant possédant des mutations nouvellement identifiées ou rarement détectées jusqu’à présent, il est nécessaire de prévenir sans délai le CNR afin de signaler cette nouvelle détection et également de connaitre la nomenclature à adopter.
La date butoir du 11 juin concerne la réception électronique du dossier ou la réception électronique plus postale ?
Les candidatures doivent parvenir au plus tard le vendredi 11 juin à 12h00 (heure française). Toute candidature reçue après cette date limite sera écartée.
- Par courrier postal à l’adresse suivante : Santé publique France – Direction des Maladies Infectieuses, à l’attention de l’équipe EMERGEN, 12 rue du Val d’Osne, 94410 Saint-Maurice ;
- Par courrier électronique à l’adresse suivante : ami-emergen@santepubliquefrance.fr (un accusé de réception sera alors envoyé à l’expéditeur comme confirmation de bonne réception).
Comment s’organise la répartition du séquençage sur le territoire ?
La localisation géographique du candidat et l’amplitude de sa couverture territoriale en termes d’origine des prélèvements RT-PCR SARS-CoV-2 est un critère d’appréciation des candidatures. Il convient en effet que le choix qui sera fait des laboratoires permette d’avoir une vision de la dynamique de diffusion des différents variants sur l’ensemble du territoire.
Un partenariat public-privé est-il envisageable dans le cadre de l’AMI ?
Il n’y a pas d’objection a priori à un tel partenariat. C’est au LBM candidat de décrire dans son dossier de candidature, les modalités techniques et organisationnelles lui permettant de répondre aux attendus précisés dans le règlement de consultation de l’AMI et le cahier des charges associé. La rémunération des laboratoires retenus se fera via une tarification à l’acte de l’Assurance maladie, le candidat doit donc s’assurer préalablement qu’il peut en bénéficier.
Est-ce qu’un laboratoire peut s’associer à d’autres LBM (privé et/ou public) afin de répondre à la demande de réalisation de 1000 séquences hebdomadaires ?
Il n’y a pas d’objection a priori à un tel partenariat. C’est au LBM candidat de décrire dans son dossier de candidature, les modalités techniques et organisationnelles lui permettant de répondre aux attendus précisés dans le règlement de consultation de l’AMI et le cahier des charges associé. La rémunération des laboratoires retenus se fera via une tarification à l’acte de l’Assurance maladie, le candidat doit donc s’assurer préalablement qu’il peut en bénéficier.
Est-ce que le séquençage des 10 échantillons peut être anticipé ?
Les modalités de sélection des prélèvements pour envoi au CNR et d’envoi de séquences et données/métadonnées seront précisées par Santé publique France à chaque candidat retenu à l’issue l’examen des dossiers de candidatures, soit à partir du 30 juin 2021.
Quels sont les seuils de prise en compte ou non d’un variant allélique (VAF, profondeur) ?
Si un variant allélique est observé pour la première fois dans le laboratoire, il convient de noter les combinaisons de mutations et de les rechercher dans GISAID. Si ces combinaisons ont été identifiées ailleurs et si la séquence obtenue suit les spécifications attendues (Couverture minimale pour appeler une base : >10X pour Illumina et Ion Torrent; > 20X pour MinION ; En dessous de ce seuil, la base n’est pas déterminée (i.e. appelée N) ; Séquence validée si >99% de la séquence est déterminée (i.e. sans base ambiguë N) avec une profondeur de couverture moyenne de 1000x et différenciation entre une délétion et un défaut de couverture) alors, le résultat doit être pris en compte. De plus, lors de la détection d’un variant possédant une combinaison de mutations nouvellement identifiées, il est nécessaire de prévenir sans délai le CNR afin de signaler cette nouvelle détection et également de connaitre la nomenclature à adopter.
Concernant les données issues du séquençage, quels types de données devons-nous conserver et combien de temps ?
Le choix sur le type de fichier et la durée de conservation des données sont en cours de discussion et cette information sera apportée à la connaissance des laboratoires retenus.
Pouvez-vous préciser la structure attendue des séquences FASTA ?
Pour la structure des séquences Fasta, il est attendu :
- une archive (zip) pour chaque échantillon, qui regroupera tous les fichiers individuels qui lui sont propres. L'archive zip d'un échantillon contiendra :
- les séquences brutes (fastq.gz ou bam)
- le génome consensus de cet échantillon (fichier mono-fasta)
- le fichier de variant (format VCF)
- une autre archive (zip) pour les fichiers qui décrivent de tous les échantillons du lot dans son ensemble. L'archive zip du lot d’échantillons contiendra :
- le tableau de métadonnées, conforme à une prochaine version qui contiendra les champs nécessaires pour la soumission à GISAID et à l'ENA.
- le fichier de génomes consensus multi-fasta
- le fichier d'assignation Nextclade obtenu par la plateforme
- le fichier d'assignation Pango obtenu par la plateforme
Quel est le mode de transfert des séquences vers l’IFB ?
Tous les fichiers (lectures brutes, génome consensus, variants, métadonnées) seront transférés vers un prestataire tiers de confiance, qui assurera l'encryptage de toutes les informations sensibles (clés de pseudonymisation) et le dépôt sur le serveur de l'Institut Français de Bio-informatique, qui se chargera des étapes suivantes (validation de la conformité et de la qualité, intégration dans la base de données EMERGEN-DB, soumission aux dépôts internationaux).
Les séquences consensus étant dépendantes du workflow et du pipeline bio-informatique, quelle sera la conséquence d’une couverture localisée supérieure ?
Le cahier des charges précise que les spécifications attendues pour un séquençage sont les suivantes :
- Couverture minimale pour appeler une base : >10X pour Illumina et Ion Torrent; > 20X pour MinION. En dessous de ce seuil, la base n’est pas déterminée (i.e. appelée N) ;
- Séquence validée si >99% de la séquence est déterminée (i.e. sans base ambiguë N) avec une profondeur de couverture moyenne de 1000x ;
- Si la séquence obtenue est validée selon les critères ci-dessus, alors il n’y aura pas de conséquence pour une couverture localisée supérieure.