Les Centres nationaux de référence (CNR) pour la lutte contre les maladies transmissibles sont des laboratoires localisés au sein d’établissements publics ou privés de santé, d’enseignement ou de recherche. Ils sont nommés pour 5 ans par le ministre chargé de la Santé sur proposition de Santé publique France.
Missions
Les Centres nationaux de référence (CNR) ont pour mission :
- l’expertise concernant la microbiologie et la pathologie des agents infectieux, le développement, l'optimisation, la validation et la diffusion d'examens de biologie médicale ; l'identification et la confirmation des agents pathogènes, en particulier ceux pour lesquels il n'existe pas de dispositif médical de diagnostic in vitro répondant aux conditions fixées par les articles L. 5221-2 ou L. 5221-5 du code de la santé publique ;
- le conseil scientifique ou technique en réponse à toute demande du ministre chargé de la santé, Santé publique France et des professionnels de santé ;
- la contribution à la surveillance épidémiologique :
- par l'animation d'un réseau de laboratoires auxquels peuvent être confiés la réalisation d'examens et qui en transmettent ensuite les résultats,
- par la réalisation des analyses nécessaires à la surveillance des agents pathogènes ;
- l’alerte immédiate de Santé publique France, du ministère chargé de la santé et, le cas échéant, de l'agence régionale de la santé de toute constatation de nature à présenter un risque ou une menace sur l'état de santé de la population.
Les structures qui ne remplissent que les missions mentionnées aux 1° et 2° du I sont désignées “ Centre national de référence-Laboratoire expert ” conformément au cahier des charges général mentionné à l'article D. 1413-47.
Les missions propres à chaque CNR sont détaillées dans un cahier des charges spécifiques (format pdf) conforme à un cahier des charges type défini par l’arrêté du 16 juin 2016. Pour assurer certaines de ses missions, un CNR peut s’appuyer sur un ou plusieurs laboratoires dits «laboratoires associés». Dans ce cas, le responsable du CNR est chargé de la coordination de l’ensemble des activités des laboratoires associés et rend à Santé publique France un rapport annuel faisant la synthèse des activités réalisées par les différents laboratoires.
Expertise
La mission d’expertise concerne :
- l’identification et caractérisation des souches adressées par les laboratoires d'analyse et de biologie médicaleIdentification ou confirmation en tant que de besoin d'espèces courantes pour lesquelles les techniques d'identification ne sont pas disponibles. Les CNR effectuent cette identification tant que cette technique n'est pas diffusée aux laboratoires, notamment ceux désignés par les agences régionales de santé (ARS). Les identifications de souches courantes et les diagnostics sérologiques qui constituent des activités habituelles de diagnostic des laboratoires d'analyse de biologie médicale ne sont confiés aux CNR que de façon exceptionnelle et, dans ce cas, donnent lieu à facturation ; Caractérisation des souches des agents pathogènes dont ils ont la charge.
- Maintien et détention des techniques de diagnostic et/ou d'identification et de caractérisation. Les CNR assurent la gestion des échantillons biologiques collectés et des bases de données qui leur sont relatives dans les conditions mentionnées à l'article L. 1413-5 du code de la santé publique pendant la durée de leur mandat. Ces échantillons restent la propriété de l'Etat. Si la structure hébergeant un CNR est amenée à changer, notamment lors d'un nouveau mandat, ces collections de souches types, antigènes ou immuns-sérums de référence, marqueurs épidémiologiques, sérologiques et moléculaires et bases de données sont transférées au laboratoire nouvellement nommé CNR.
- Développement ou validation de tests diagnostics. Participation au développement, à l'optimisation, à la validation, à la diffusion et aux recommandations concernant les examens de biologie médicale (techniques de diagnostic, d'identification et/ou de typage) relatifs aux agents pathogènes dont ils ont la charge ; Pour les agents pathogènes émergents nécessitant des mesures urgentes de contrôle des épidémies, les CNR concernés assurent le développement et/ou la validation des techniques diagnostiques, et contribuent à leur diffusion aux laboratoires désignés par les ARS ou intéressés, dans les meilleurs délais et suite à la demande du ministère en charge de la santé. Dans la mesure du possible, ils contribuent aux procédures d'inscription de ces techniques au référentiel des actes innovants hors nomenclature (RIHN) ou à la nomenclature des actes de biologie médicale (NABM).Le CNR peut être amené à assurer une distribution des réactifs de référence si ceux-ci ne sont pas disponibles.
- Contribution à l'évaluation de la sensibilité aux anti-infectieux
- Participation à l'évaluation des procédures d'inactivation des agents pathogènes
- Information, formation et, le cas échéant, élaboration et publication de guides techniques
Conseil
La mission de conseil s’exerce :
- aux professionnels de santé ;
- auprès de Santé publique France, des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute autorité de santé (HAS) et du ministère chargé de la santé :
- participation à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses ;
- réponse aux demandes d'expertise ou à des enquêtes.
Contribution à la surveillance épidémiologique
La mission de contribution à la surveillance épidémiologique comprend :
- Surveillance de l'évolution et des caractéristiques des infections. Les CNR réalisent les examens de biologie médicale nécessaires à la surveillance des agents pathogènes dont ils ont la charge, notamment la caractérisation de souches. Ils animent également un réseau de laboratoires correspondants qui réalisent certaines de ces analyses, et en centralisent les résultats ;
- Les CNR qui participent à la surveillance d'une infection doivent, au minimum, contribuer à renseigner les items suivants, en coordination avec Santé publique France :
- informations épidémiologiques : âge, sexe, date et type de prélèvement, notion de cas groupés ;
- origine « associée aux soins » s'il y a lieu ;
- identification des diagnostics redondants correspondant à un seul cas ;
- représentativité des cas identifiés selon les critères suivants :
- géographique ;
- lieu et mode de prise en charge ;
- sélection de souches particulières présentant des difficultés d'identification ;
- pour les infections peu fréquentes, les CNR doivent inciter activement les laboratoires à leur adresser l'ensemble des souches isolées en France.
- participation à la surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux ;
- contribution à la détection et à l'analyse d'infections associées aux soins ;
- contribution à l'étude de la couverture immunitaire d'une population protégée ou non par un ou plusieurs vaccins et de son évolution ;
- participation à l'investigation de phénomènes épidémiques (typage de souches, comparaison de souches isolées chez les malades et d'autres sources) ;
- contribution aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier européens ;
- contribution à des enquêtes ponctuelles à la demande du ministère chargé de la santé ou de Santé publique France.
Alerte
Signalement de tout phénomène anormal à Santé publique France, à la direction générale de la santé (DGS) et, le cas échéant, aux ARS, notamment :
- augmentation de la fréquence d'isolement d'un agent pathogène, ou signalement de cas groupés d'une maladie ;
- identification d'un agent pathogène rare ou émergent (coronavirus, poliovirus, Ebola, etc.) ;
- identification d’un nouvel agent pathogène ;
- apparition de nouvelles formes cliniques ou d'une variation ou mutation d'un agent pathogène connu ;
- informations concernant des événements de même nature dans des pays étrangers.
Un comité des Centres nationaux de référence est placé sous la responsabilité du directeur général de Santé publique France. Il est composé de représentants de la Direction générale de la santé, de la Direction générale de l’offre de soins et de Santé publique France, d’experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique nommés en raison de leurs compétences. La moitié au moins de ses membres n’appartient ni aux directions du Ministère chargé de la santé, ni à Santé publique France.
Les membres du comité sont nommés pour 5 ans par le Directeur général de Santé publique France.
Composition du Comité des Centres nationaux de référence
Décision n°570-DG-2017 du 13 octobre 2017 et décision n°101-DG-2018 du 30 mars 2018
Le mandat des Membres du Comité des CNR s’étend du 13 octobre 2017 jusqu'à son renouvellement au plus tard 8 mois après la nomination des CNR du mandat 2017-2022.
Les membres du Comité des CNR sont :
- Président
Jean-Claude Piffaretti
- Au titre d’experts en épidémiologie, microbiologie, infectiologie ou santé publique
Sophie Bertrand, Christophe Burucoa, François Caron, Virginie Ferré, Jérôme Le Goff, Alban Le Monnier, Hervé Pelloux, Jean-Claude Piffaretti, Bruno Pozzetto, Gilles Salvat, Jean-Paul Stahl
- Au titre des représentants de la Direction générale de la santé
Bernadette Worms (suppléant : Thierry Paux)
- Au titre des représentants de la Direction générale de l'offre de soins
Dominique Felten
- Au titre des représentants de Santé publique France
Anne-Sophie Barret, Didier Che, Bruno Coignard, Henriette de Valk
Le secrétariat scientifique du Comité des CNR est assuré par Bruno Coignard, Directeur de la Direction des maladies infectieuses de Santé publique France, assisté de Christine Aranda.
Missions du comité des CNR :
- proposer, pour cinq ans, au regard de la situation épidémiologique, la liste des agents infectieux nécessitant un centre national de référence ;
- élaborer les cahiers des charges spécifiques des CNR (format pdf) ;
- analyser les projets et classer les candidatures dans le cadre d’un appel à candidatures ;
- évaluer les centres nationaux de référence annuellement et à l’issue des cinq années d’activité.
Au cours de la période quinquennale, le comité peut proposer au Directeur général de Santé publique France la création de nouveaux Centres nationaux de référence ou laboratoires associés pour répondre à des besoins sanitaires qui ne seraient pas couverts.
A tout moment, en cas de manquement aux obligations stipulées dans l’Arrêté du 16 juin 2016 et conformément au Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016, le comité peut proposer au Directeur général de Santé publique France la suspension ou la radiation d’un laboratoire de la liste des CNR. Le Directeur général de Santé publique France notifie alors au responsable du laboratoire les faits de nature à motiver cette décision. Ce dernier dispose d’un délai d’un mois pour faire connaître ses observations. A l’issue de ce délai ou si les observations du responsable du laboratoire ne sont pas jugées satisfaisantes, le Directeur général de Santé publique France transmet au ministre chargé de la Santé une proposition de suspension ou de radiation.
Par arrêté du 7 mars 2017 (publié au Journal Officiel n°0058 du 9 mars 2017), le nouveau réseau de Centres nationaux de référence (CNR) a été nommé par la ministre chargée de la Santé pour la période du 1er avril 2017 au 30 mars 2022.
La liste des 44 CNR nommés est disponible ci-dessous. Y figurent les noms des responsables des CNR, des CNR coordonnateurs, des CNR laboratoires associés (CNR-LA) et des CNR laboratoires experts (CNR-LE) participant au réseau, ainsi que les coordonnées permettant de les contacter.
Liste et coordonnées des CNR 2017-2022
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Le responsable de chaque Centre national de référence adresse chaque année un rapport d’activité au Ministre chargé de la santé et à Santé publique France. Ce rapport sert au suivi des activités des CNR par le comité des CNR.
Les coordonnées, instructions pour l’envoi de prélèvements et rapports d’activité des CNR sont directement accessibles via leur site web, aux adresses mentionnées ci-après.
- Site CNR Agents transmissibles non conventionnels (ATNC) : http://www.creutzfeldt-jakob.aphp.fr/
- Site CNR Arbovirus : http://www.ecole-valdegrace.sante.defense.gouv.fr/rubriques-complementaires/irba-cnr/arbovirus
- Site CNR Bactéries anaérobies et botulisme : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/bacteries-anaerobies-botulisme
- Site CNR Borrelia : http://www.chru-strasbourg.fr/les-centres-de-reference/Borrelia
- Site CNR-LE Brucella : http://www.chu-nimes.fr/cnr-brucella/cnr-brucella.html
- Site CNR Campylobacter et Helicobacter : https://www.cnrch.fr/
- Site CNR-LE Charbon : http://www.ecole-valdegrace.sante.defense.gouv.fr/rubriques-complementaires/irba-cnr/charbon
- Site CNR Coqueluche et autres bordetelloses : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/coqueluche-et-autres-bordetelloses
- Site CNR Corynébactéries du complexe diphteriae : https://www.pasteur.fr/fr//sante-publique/CNR/les-cnr/corynebacteries-du-complexe-diphteriae
- Site CNR-LE Cryptosporidioses : https://www.chu-rouen.fr/service/cnr-cryptosporidiose/
- Site CNR Echinococcoses : http://cnr-echino-alveolaire-ccoms.univ-fcomte.fr/
- Site CNR Entérovirus et parechovirus : http://cnr.chu-clermontferrand.fr/CNR/default.aspx
- Site CNR Escherichia coli, Shigella, Salmonella : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/escherichia-coli-shigella-salmonella
- et : http://cnr-escherichiacoli-robertdebre.aphp.fr/
- Site CNR Fièvres hémorragiques virales : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/fievres-hemorragiques-virales
- Site CNR-LE Francisella tularensis : http://www.chu-grenoble.fr/content/centre-national-de-reference-des-francisella
- Site CNR Hantavirus : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/hantavirus
- Site CNR Herpèsvirus : http://www.unilim.fr/cnr-cytomegalovirus/
- Site CNR Infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes : https://www.cnr-ist.fr
- Site CNR Legionella : http://cnr-legionelles.univ-lyon1.fr/
- Site CNR Leishmaniose : http://www.parasitologie.univ-montp1.fr/cnrl.htm
- Site CNR Leptospirose : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/leptospirose
- Site CNR Listeria : https://www.pasteur.fr/fr/node/2455
- Site CNR Méningocoques et Haemophilus influenzae: https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/meningocoques
- Site CNR Mycobactéries et résistance aux antituberculeux : http://cnrmyctb.free.fr/
- Site CNR Mycoses invasives et antifongiques : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR/les-cnr/mycoses-invasives-antifongiques
- Site CNR-LE Orthopoxvirus : http://www.ecole-valdegrace.sante.defense.gouv.fr/rubriques-complementaires/irba-cnr/orthopoxvirus
- Site CNR Paludisme :
- Site CNR Papillomavirus : https://www.cnr-hpv.fr/
- Site CNR Peste et autres yersinioses : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/peste-autres-yersinioses
- Site CNR Pneumocoques : http://cnr-pneumo.com/
- Site CNR Rage : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/rage
- Site CNR Résistance aux antibiotiques : http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/
- Site CNR Rickettsies Coxiella et Bartonella : https://www.mediterranee-infection.com/diagnostic/les-centres-nationaux-de-reference-cnr/cnr-rickettsioses/
- Site CNR Risques infectieux transfusionnels : https://www.ints.fr/QSPresentation.aspx
- Site CNR Staphylocoques : http://cnr-staphylocoques.univ-lyon1.fr/
- Site CNR Streptocoques : https://www.cnr-strep.fr/
- Site CNR Toxoplasmose : http://cnrtoxoplasmose.chu-reims.fr/
- Site CNR Vibrions et choléra : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/vibrions-cholera
- Site CNR Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) : http://www.chu-tours.fr/le-centre-national-de-reference-du-vih-cnr-presentation.html
- Site CNR Virus de la rougeole, de la rubéole et des oreillons : http://www.chu-caen.fr/service-129.html
- Site CNR Virus des gastro-entérites : http://www.cnr-ve.org/
- Site CNR Virus des Hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) : http://www.cnrvha-vhe.org/
- Site CNR Virus des hépatites B, C et Delta : http://www.vhc-henrimondor.com/centre-national-de-referencedes-hepatites-b-c-et-delta/mission-de-service-public
- Site CNR Virus des infections respiratoires (dont la grippe) : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/cnr/les-cnr/virus-influenzae-grippe
- Page d’accueil des CNR hébergés par l’Institut Pasteur : https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/CNR
Textes règlementaires pour le mandat CNR 2017-2021
- Arrêté du 7 mars 2017 fixant la liste des centres nationaux de référence, des centres nationaux de référence-laboratoires associés et des centres nationaux de référence-laboratoires experts pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Article L1413-3 modifié par Ordonnance n°2016-462 du 14 avril 2016 - art. 1
- Ces documents sont publiés sur le site : http://www.legifrance.gouv.fr
Textes règlementaires pour le mandat CNR 2012-2016
- Arrêté du 23 décembre 2016 modifiant l’arrêté du 24 juillet 2014 (prolongation du mandat 2012-2016 des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés)
- Arrêté du 24 juillet 2014 fixant la liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés
- Arrêté du 26 décembre 2011 fixant la liste des Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés (ORF n°0302 du 30 décembre 2011, page 22804 texte n° 60
- Arrêté du 24 novembre 2009 modifiant la liste des Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés
- Arrêté du 29 novembre 2004 fixant les modalités de désignation et les missions des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Loi nº 2004-806 du 9 août 2004 art. 16, art. 21, art. 55 Journal Officiel du 11 août 2004
- Ces documents sont publiés sur le site : http://www.legifrance.gouv.fr
Pour mémoire car appel clos
L'article L 1413-3 du code de la Santé publique dispose que, pour l'exercice de ses missions, Santé publique France, l'agence nationale de santé publique, s'appuie sur un réseau de Centres nationaux de référence (CNR) pour la lutte contre les maladies transmissibles, dont les modalités de désignation ainsi que les missions sont fixées par le décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles, par l’arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles, et par leurs cahiers des charges spécifiques.
L’agence nationale de santé publique, en lien avec son Comité des CNR et avec la Direction générale de la santé (DGS), lance dans ce cadre un nouvel appel à candidature en vue de la désignation des Centres nationaux de référence (CNR) par le ministre chargé de la Santé pour la période 2017-2021.
Cet appel à candidature est ouvert à tout laboratoire de microbiologie au sein d'un établissement public ou privé de santé, d'enseignement ou de recherche, qui s'engage à assurer les missions de CNR telles que définies par le décret et l’arrêté cités précédemment, ainsi que par leurs cahiers des charges spécifiques.
Principes ayant guidé l’appel à candidature pour la mandature 2017-2021
Les principes qui ont guidé la préparation de cet appel à candidature sont les suivants :
- dans un contexte budgétaire contraint, éviter la dispersion des financements en favorisant le regroupement des structures, et donc proposer des regroupements syndromiques quand ils sont pertinents ;
- dans un contexte épidémiologique évolutif, tenir compte de l’évolution des besoins et priorités de santé publique, et donc proposer des ajustements du périmètre des CNR ; intégrer à ce titre, après les avoir analysées, les contributions issues de la consultation des parties prenantes conduites en 2015 ;
- faire en sorte que le réseau constitué soit, en référence à ses quatre missions de santé publique (conseil, expertise, contribution à la surveillance, alerte), cohérent avec le programme de l’agence nationale de santé publique, dont il soutiendra l’accomplissement dans le champ des maladies infectieuses.
Ces principes ont conduit à distinguer deux catégories de CNR et à revoir le périmètre du réseau des CNR dans son ensemble.
Deux catégories de CNR :
- ceux devant répondre aux 4 missions habituelles des CNR (conseil, expertise, contribution à la surveillance, alerte) : ces laboratoires sont dénommés « Centres nationaux de référence » ;
- ceux devant répondre à 2 missions (conseil et expertise) du fait de la nécessité de maintenir une expertise sur les pathogènes concernés, mais de répondre à des besoins limités en termes de surveillance et d’alerte. Ces laboratoires sont dénommés « Centres nationaux de référence – Laboratoires experts ».
Périmètre du réseau CNR pour la mandature 2017-2021
La liste complète des CNR concernés par le présent appel à candidature et leurs cahiers des charges spécifiques figurent ci-après.
L'appel à candidature porte en 2016 sur une liste révisée de 38 CNR et 5 CNR – Laboratoires experts. Elle constitue une évolution de la liste des CNR du précédent mandat, avec pour changements notables :
- Le regroupement des thématiques suivantes sous un même CNR :
- CNR Virus des infections respiratoires (dont la grippe)
- CNR Infections sexuellement transmissibles bactériennes
- CNR Virus de rougeole, de la rubéole et des oreillons
- CNR Méningocoques et Haemophilus influenzae
- L’extension du périmètre de certains CNR :
- CNR des Herpes Virus : extension du périmètre du CNR Cytomégalovirus
- CNR Echinococcoses : extension du périmètre du CNR Echinococcoses alvéolaires
- La création de 5 « CNR – Laboratoires Experts » :
- CNR – Laboratoire expert Brucellose : évolution du précédent CNR
- CNR – Laboratoire expert Charbon : évolution du précédent CNR
- CNR – Laboratoire expert Francisella tularensis : évolution du précédent CNR
- CNR – Laboratoire expert Orthopoxvirus : évolution du précédent CNR
- CNR – Laboratoire expert Cryptosporidioses : création
- La suppression d’un CNR :
- CNR Maladie de Chagas en Guyane
- La création d’un CNR « Risques infectieux transfusionnels » (appel à candidatures complémentaire du 11/01/2017)
Bases réglementaires
L’arrêté du 29 novembre 2004 est abrogé et remplacé par le décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et l'arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles.
Principes de financement du réseau CNR
Ces principes sont décrits dans le décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
Document (Appel du 11/01/2017)
- Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Cahier des charges spécifiques du CNR Risques infectieux transfusionnels (format doc, format pdf)
- Règlement de consultation – Appel à candidature complémentaire
- Volet scientifique – Appel à candidature complémentaire (format doc, format pdf)
- Volet financier – Appel à candidature complémentaire
- Déclaration publique d’intérêt : www.santepubliquefrance.fr/Sante-publique-France/Deontologie-et-ethique
Document (Appel du 20/06/2016)
- Décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles
- Cahier des charges spécifiques des CNR – Appel à candidature 2017-2021 (format doc, format pdf)
- Règlement de consultation – Appel à candidature 2017 - 2021
- Volet scientifique – Appel à candidature 2017-2021 (format doc, format pdf)
- Volet financier – Appel à candidature 2017 - 2021
- Déclaration publique d’intérêt : en savoir plus