COVID-19 : Santé publique France adapte ses indicateurs pour surveiller au plus près l’épidémie

L’installation dans la durée de l’épidémie de Covid-19 nécessite une adaptation en continu de la surveillance pour prendre en compte le déploiement de nouvelles techniques diagnostiques et les dernières connaissances scientifiques. Le système SI-DEP intègre ainsi désormais les tests antigéniques (TAg) et son accès a été ouvert à tous les professionnels de santé habilités à les réaliser. Parallèlement, du fait de l’augmentation de la capacité de dépistage, et avec elle de la fréquence croissante de personnes testées plusieurs fois, un ajustement de la définition des personnes testées est nécessaire. Les équipes de Santé publique France travaillent depuis plusieurs semaines à rendre effectives ces évolutions et à fournir en open data des indicateurs permettant un suivi au plus près de la dynamique de l’épidémie.

Mis à jour le 08 décembre 2020

S’adapter en continu pour un suivi au plus près de la dynamique épidémique

Le système de surveillance mis en place par Santé publique France s’adapte en permanence pour produire des indicateurs qui reflètent la dynamique de l’épidémie au plus près de la réalité et aux niveaux les plus fins du territoire. Ces adaptations sont réalisées en tenant compte des connaissances scientifiques les plus récentes sur le virus, des évolutions des mesures prises pour enrayer l’épidémie, et des standards épidémiologiques internationaux. Elles peuvent concerner le système de remontée des données vers l’agence – par exemple l’intégration des résultats des TAg dans SI-DEP – ou les méthodes de calcul des indicateurs – prenant en compte les résultats sur 7 jours « glissant » au cours du temps.

Intégration des TAg : assurer la continuité de l’information

Les TAg sont autorisés et remboursés pour le diagnostic de la COVID-19 depuis le 17 octobre avec un déploiement progressif depuis cette date. Ils sont aujourd’hui pratiqués en laboratoire de biologie médicale (LBM) ou par d’autres professionnels de santé (médecins, pharmaciens, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, sages-femmes, chirurgiens-dentistes). Les résultats des tests antigéniques réalisés hors des LBM sont saisis dans le système SI-DEP depuis le 16 novembre. Aujourd’hui, après avoir procédé aux analyses préalables permettant de vérifier la qualité des données remontées, tous les résultats de tests, RT-PCR ou TAg, entrent dorénavant dans la production des indicateurs SI-DEP (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage). A noter que si l’inclusion des TAg conduit mécaniquement à augmenter les valeurs d’incidence communiquées sur Géodes en open data, la tendance de la dynamique de l’épidémie reste identique.

Nombre de personnes testées : quels changements et quel impact sur les indicateurs ?

L’approche épidémiologique de Santé publique France privilégie des indicateurs (taux d’incidence, de positivité, de dépistage) centrés sur les personnes. Ainsi, les données de SI-DEP, qui concernent les tests, ont toujours été retraitées pour supprimer des résultats en doublon chez une même personne. Aujourd’hui, alors que l’épidémie se prolonge, il est fréquent qu’une même personne effectue plusieurs tests, notamment lorsque les précédents étaient négatifs. Par ailleurs, les connaissances ont évolué et le risque de réinfection, qui est aujourd’hui considéré très faible mais possible après 60 jours, doit pouvoir être identifié. La façon de dénombrer les personnes testées doit donc s’adapter à ces évolutions pour refléter l’épidémie au plus près de la réalité.

C’est pourquoi Santé publique France modifie dorénavant la méthode de calcul :

  • du nombre de personnes testées : calculé sur une période donnée (7 jours par exemple), il correspond au nombre de personnes ayant eu au moins un test pendant cette période et qui n‘ont jamais été testées positives dans les 60 jours précédents ;
  • du nombre de personnes testées positives : une personne qui présente un test positif soit pour la première fois, soit plus de 60 jours après un précédent test positif sera compté comme un nouveau cas.

Ce nouveau mode de calcul, centré sur la personne, est ainsi plus précis pour estimer la prévalence du virus dans la population testée. Il conduit à modifier le calcul du taux de positivité et celui du taux de dépistage.

La formule mathématique qui associe les 3 indicateurs principaux (taux d’incidence, taux de positivité, taux de dépistage) est en revanche inchangée (Figure 1).

Figure 1 : TI : taux d’incidence ; TP : taux de positivité ; TD : taux de dépistage.

Concrètement :

  • Auparavant, dans le calcul des indicateurs :
    • Etaient prises en compte uniquement les personnes testées positives pour la première fois depuis le 13 mai et celles testées négatives pour la première fois depuis le 13 mai.
    • Ainsi, étaient exclues les personnes multi-testées négatives avec comme conséquence une sous-estimation croissante au cours du temps du nombre de personnes testées.
    • Cela conduisait à une surestimation du taux de positivité et une sous-estimation du taux de dépistage.
  • Aujourd’hui, dans le calcul des indicateurs :
    • Seront prises en compte d’une part les personnes re-testées positives pour la première fois depuis plus de 60 jours, et d’autre part tous les personnes testées selon la nouvelle définition.
    • Le taux de positivité selon ce nouveau calcul diminue mécaniquement par rapport à celui qui résultait de l’ancien calcul ; le taux de dépistage, à l’inverse, augmente mécaniquement. Pour autant, les tendances au cours du temps de ces deux indicateurs sont les mêmes que celles communiquées jusqu’à présent.
    • Le changement de calcul n’a pas d’impact significatif sur le taux d’incidence, car celui-ci dépend uniquement de la comptabilisation des personnes testées positives. Or le seul changement à cet égard concerne les personnes avec deux tests positifs à plus de 60 jours d’intervalle, qui sont très rares.

Avant de rendre effectif ce changement, Santé publique France a recalculé à partir de ces nouvelles méthodes tous les indicateurs (taux d’incidence, de positivité, de dépistage) produits depuis le 13 mai, à chaque niveau territorial pertinent (région, département, commune, IRIS).

La courbe présentée (Figure 2) montre, par exemple, que les taux de positivité étaient très proches quel que soit le mode de calcul utilisé jusqu’à la semaine 32 (9 août), date à partir de laquelle un écart a commencé à apparaître, du fait du très grand nombre de tests réalisés et de la non prise en compte des personnes multi-testées négatives.

Figure 2 : Comparaison des taux de positivité calculés avec la définition nouvelle et ancienne d'une personne testée. 

« En un laps de temps très court, le système SI-DEP a dû s’ouvrir à de nouveaux utilisateurs et s’adapter aux nouvelles stratégies de dépistage ainsi qu’à l’installation de l’épidémie dans la durée. Ces évolutions sont intervenues sans qu’à aucun moment les décideurs et les Français ne soient privés des informations indispensables à la gestion de l’épidémie. Aujourd’hui le système est totalement fonctionnel avec l’atout supplémentaire de faciliter les comparaisons internationales. »
Laetitia Huiart, Directrice Scientifique à Santé publique France.

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Communiqué de presse

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