Actuellement, le variant Omicron circule à des niveaux importants à travers le monde. Il est normal d’observer chez un variant qui circule une diversification génétique au cours du temps et l’apparition de nouveaux sous-lignages. C’est le cas pour le variant Omicron, et à ce jour, trois sous-lignages d’Omicron ont été définis : BA.1, BA.2 et BA.3.
Tous les nouveaux sous-lignages d’Omicron qui apparaissent sont suivis en France par Santé publique France, qui s’intéresse plus spécifiquement à ceux qui pourraient montrer des caractéristiques différentes en termes de transmissibilité, d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité.
Ainsi, le sous-lignage BA.2 a été défini le 1er décembre 2021 et décrit le 15 décembre 2021 et le 5 janvier 2022 derniers dans les analyses de risque relatifs aux variants, réalisées conjointement avec le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires. Ces analyses de risque incluent, entre autres, la liste des mutations qui diffèrent entre BA.1 et BA.2.
Une nouvelle analyse de risque publiée dans les prochains jours.
Quelles sont les différences entre le BA.1 et le BA.2 ?
Une des différences majeures est le fait que BA.1 possède la délétion 69-70 ce qui n’est pas le cas de BA.2 (une délétion est un type de modification du génome correspondant à l’absence d’une partie de la séquence ( ici les positions 69 et 70 dans le gène S).
Un certain nombre de pays dont l’Afrique du Sud et le Royaume-Uni utilisent cette délétion via ce qu’on appelle le S-Gene Target Failure (SGTF) comme un moyen de détecter Omicron. Cette méthode ne détecte que le BA.1 et ne comptabilise pas le BA.2.
Comment surveille-t-on le BA.2 en France ?
En France, la stratégie de criblage permet de détecter tous les Omicron sans distinction, qu’ils soient BA.1 ou BA.2 et donc de connaitre de manière réactive le niveau de circulation du variant. Dans un second temps, le séquençage réalisé dans le cadre du Consortium Emergen permet de suivre la diffusion différenciée de ces deux sous-lignages. Cela souligne la complémentarité de ces deux systèmes de surveillance : le criblage permet de suivre de manière réactive les Omicron dans leur ensemble et le séquençage permet une analyse plus fine des différents sous-lignages.
Comment circule BA.2 en France ?
À ce jour, d’après les résultats de séquençage, il y a des détections de BA.2 en France, mais à des niveaux très faibles. Des cas ponctuels répartis sur différentes régions ont été détectés par séquençage sur les deux dernières semaines de décembre 2021 et les deux premières semaines de cette année.
Cette détection de BA.2 à des niveaux faibles est partagée par de nombreux pays d’Europe. Cependant, au Danemark, on observe un remplacement progressif de BA.1 par BA.2. Les autorités danoises suivent de près ce phénomène. Des études sont ainsi en cours pour comparer les propriétés de BA.1 et BA.2 et évaluer si le remplacement du premier sous-lignage par le second serait dû à des caractéristiques différentes, en particulier en termes de transmissibilité, d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité.
Ces données qui seront produites par le Danemark sont donc suivies de près. A ce stade, des analyses préliminaires réalisées par l’agence de santé publique danoise (Statens Serum Institut, SSI) n’ont montré aucune différence entre BA.1 et BA.2 en terme d’impact sur les hospitalisations.