Lancé en janvier 2021 en réponse à la pandémie de COVID-19 et à l’apparition du variant Alpha, le consortium EMERGEN a permis de mettre en place un système de surveillance génomique national pour détecter, caractériser et suivre l’évolution du SARS-CoV-2 en France, y compris dans les territoires d’outre-mer.
Fort de son efficacité, le projet évolue avec la plateforme EMERGEN 2.0, dédiée à la surveillance et à la recherche sur les infections causées par des pathogènes EMERgents, en utilisant la GENomique microbienne. Il s’agit d’une évolution majeure visant à inscrire dans la durée et à élargir les activités du projet initial.
La plateforme EMERGEN 2.0 a été officiellement lancée le 1er octobre 2024 et est coordonnée par :
- l’ANRS-Maladies infectieuses émergentes (ANRS-MIE) ;
- Santé publique France ;
- l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses).
Ce nouvel élan est soutenu par un financement de l’Agence nationale de la recherche (ANR) dans le cadre de stratégie nationale d'accélération "Maladies Infectieuses émergentes (MIE) et Menaces Nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques (NRBC)" (au titre de France 2030) et des fonds propres des institutions fondatrices. Au-delà des trois institutions membres fondateurs, plusieurs autres acteurs sont associés comme partenaires.
Le consortium EMERGEN a été lancé en janvier 2021 en réponse à la pandémie de COVID-19 et à l'apparition du premier variant préoccupant du SARS-CoV-2 (Alpha), détecté pour la première fois au Royaume-Uni en novembre 2020. Son objectif était de créer une plateforme pour renforcer les capacités du Centre National de Référence des Virus Respiratoires (CNR VIR) concernant la détection, la caractérisation et le suivi des nouveaux variants du SARS-CoV-2 en France, y compris dans les territoires d'outre-mer.
Le défi était double : établir un système de surveillance génomique complet à l'échelle nationale, et faciliter les activités de recherche pour anticiper ou évaluer l'impact sanitaire de l'émergence de nouveaux variants.
Étant donné l'efficacité de cette plateforme pendant la crise COVID-19 et le risque de nouvelles épidémies ou pandémies, il était essentiel d’inscrire dans la durée, au-delà de la crise COVID-19, et d’élargir à d’autres pathogènes cette plateforme, et notamment de la maintenir durant les périodes inter-crises. Il est aussi crucial de connecter cette plateforme avec d'autres instruments relatifs aux maladies infectieuses émergentes qui sont en cours de mise en place grâce à la stratégie nationale d'accélération des maladies infectieuses émergentes et menaces NRBC (SA MIE MN).
Dès ses débuts, EMERGEN a adopté une approche "Une Seule Santé" qui considère la santé humaine, animale et environnementale comme interdépendantes. Cette approche se renforce avec EMERGEN 2.0 à travers plusieurs ambitions :
- l’établissement de liens avec les activités de surveillance des eaux usées, en lien avec des projets comme SUM’Eau et Obépine+ ;
- l’intégration des données issues du séquençage des pathogènes d’origine animale, pour mieux anticiper l’émergence de zoonoses.
Ces ambitions visent à aider les autorités sanitaires à réagir rapidement en cas de nouvelle épidémie ou de risque d’émergence, en adaptant la surveillance humaine aux risques posés par des pathogènes d’origine animale ou environnementale.
Renforcement et expansion de la plateforme bio-informatique UMS 56
L’unité INSERM UMS 56 héberge dorénavant la base de données nationale des séquences utiles aux activités de la plateforme EMERGEN. Cette base, initialement développée en 2021 par l’Institut Français de Bioinformatique, collecte et analyse les séquences génomiques du SARS-CoV-2 et ses métadonnées générées par les laboratoires séquenceurs dans le cadre de la surveillance de la COVID-19. EMERGEN 2.0 vise à consolider cette base de données via les capacités nouvelles apportées par l’UMS 56, et à étendre son usage à d'autres pathogènes, qu’ils soient d’origine humaine, animale ou environnementale. La plateforme prévoit également le développement d'outils pour améliorer l’analyse, le contrôle qualité, le partage des données et la gestion de crise.
Transfert de technologies et de compétences
EMERGEN 2.0 a aussi pour objectif de servir de plateforme de partage des outils et expertises nécessaire à l’analyse des données de séquençage, entre les CNR, les LNR et les autres laboratoires concernés (laboratoires hospitaliers ou plateformes de séquençage). Ce transfert de compétences permettra d’améliorer la préparation aux crises sanitaires futures liées aux maladies infectieuses émergentes.
Pérennisation et élargissement des travaux de recherche
Le projet prévoit de poursuivre les travaux de recherche engagés lors de la crise COVID-19 et d’étendre ces recherches à d’autres agents pathogènes, notamment les virus respiratoires. De nouvelles activités de recherche seront développées autour des questions liées à la surveillance génomique, notamment en lien avec les pathogènes émergents ou pouvant provoquer de nouvelles épidémies/pandémies. La mise en œuvre de ce programme de recherche, en complément des activités de santé publique de surveillance génomique, est essentielle pour améliorer les connaissances utiles à la gestion des crises et à l’orientation des politiques publiques de gestion des crises sanitaires.
Animation et coordination des acteurs du domaine
EMERGEN 2.0 s’engage à structurer et dynamiser l’environnement de la surveillance génomique en France. Une partie importante de cette animation sera faite grâce à la constitution d’une communauté de bioinformaticiens, afin de favoriser la collaboration et l’échange de connaissances. Cette coordination sera réalisée sous l’égide de l’ANRS-MIE, de l’Inserm, de Santé publique France et de l’Anses.
Membres fondateurs du Consortium EMERGEN 2.0
- ANRS-MIE
- Santé publique France
- ANSES
Acteurs de la plateforme Emergen 2.0 et leur rôle dans la surveillance génomique
- L’unité INSERM UMS 56 (basée à Marseille) : héberge la base de données associée à la plateforme EMERGEN et dispose de capacités en bioinformatique.
- Les Centres Nationaux de Référence (CNR) : mandatés par Santé publique France, ils sont en première ligne de la surveillance génomique des pathogènes dont ils ont la charge. Ils exercent des missions de surveillance, alerte, conseil et expertise.
- Les laboratoires de référence nationaux (LNR) en santé animale : dédiés à la surveillance des virus animaux circulants (influenza, coronavirus, West Nile, Usutu et autres arbovirus).
- Le réseau des laboratoires hospitaliers de virologie de l’ANRS-MIE : spécialisés dans la surveillance et la recherche sur différents virus (VIH, hépatites, virus respiratoires …), ils apportent leur expertise et leurs capacités de séquençage.
- Les plateformes de séquençage génomique : réparties sur l’ensemble du territoire national, ils ont pour vocation de constituer une réserve de capacités qui pourrait être rapidement mobilisée en cas de crise pour soutenir les CNR et LNR.
Partenaires nationaux et internationaux
EMERGEN 2.0 s’appuie sur un réseau diversifié de partenaires, tant au niveau national qu'international, tels que des plateformes de recherche clinique, des plateformes de séquençage et des organisations de santé mondiale. La collaboration avec ces partenaires est essentielle dans l'extension de la surveillance génomique des pathogènes émergents et réémergents et mieux se préparer aux futures épidémies et pandémies.
- I-REIVAC
- OPEN-ReMIE
- Obepine+
- SUM’Eau
- ECDC
- Organisation mondiale de la santé
- Isidore
- Afroscreen