Modalités de surveillance : réseaux et partenaires

Mis à jour le 20 mai 2019

Réseaux et partenaires produisant des données RATB

En France, la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques repose sur de nombreux partenaires et réseaux de surveillance dont la coordination est placée sous l'égide de Santé publique France. Ciblée sur des pathogènes spécifiques, la surveillance repose sur le volontariat des laboratoires participants, dans les établissements de santé et en ville. Les différentes données proviennent des Centres nationaux de référence, de réseaux de surveillance hospitaliers ou de ville, et des systèmes d'alerte tels que le signalement des infections nosocomiales.Le paysage de la surveillance de la résistance aux antibiotiques  est amené à sensiblement évoluer. Depuis le 3 février 2017, Santé publique France  a pour mission de piloter les missions nationales de surveillance et de prévention des Infections associées aux soins (IAS) et de la résistance aux antibiotiques (décret du 3 février 2017) en lien avec les Centres d'appui pour la prévention des IAS (CPias), structures régionales issues de la réforme du réseau CClin-Arlin, les Cellules d'intervention en région (Cire) de Santé publique France et les Centres nationaux de référence (CNR). Ces missions nationales s'articulent désormais autour du patient tout au long de son parcours et concernent les trois secteurs de soins : établissements de santé (ES), établissements médico-sociaux (EMS) et soins de ville.

Les Centres nationaux de référence

Les Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles sont nommés par arrêté du ministère de la santé pour une période de plusieurs années, sur proposition de Santé publique France.

Les missions générales des CNR, définies par l'arrêté du 29 juin 2001, sont de quatre types :

  • expertise concernant la microbiologie, la pathologie des agents infectieux et leur sensibilité aux agents anti-infectieux ,
  • contribution à la surveillance épidémiologique ,
  • alerte par l'information immédiate de Santé publique France et du ministère chargé de la santé de toute constatation pouvant avoir des répercussions sur l'état sanitaire de la population ,
  • conseil des pouvoirs publics, des agences de sécurité sanitaire créées par la loi du 1er juillet 1998 et des professionnels de santé.

Pour la période 2017-2022, le nouveau  réseau de Centres nationaux de référence (CNR) a été nommé par le ministre chargé de la Santé par l'arrêté du 7 mars 2017 (Journal Officiel n° 0058 le 9 mars 2017). Il liste ainsi 44 CNR. Parmi eux, 43 sont ciblés sur des espèces bactériennes pathogènes spécifiques. Leur mission de surveillance, qui repose sur l'étude des souches qui leur sont adressées via un réseau de laboratoires volontaires privés et publics, inclut la résistance aux anti-infectieux. Un 44ième CNR a pour missions de détecter et caractériser les nouveaux mécanismes de résistance : le CNR de la résistance aux antibiotiques, Il collabore avec les autres CNR.

Les CNR et laboratoires associés dont les données ont été utilisées pour le site internet sont :

  • CNR Campylobacter et Helicobacter
  • CNR Escherichia coli et Shigella
  • CNR Gonocoques
  • CNR Haemophilus influenzae
  • CNR Méningocoques
  • CNR Mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux
  • CNR Mycologie et antifongiques
  • CNR Pneumocoques
  • CNR Salmonella
  • CNR Staphylocoques
  • CNR Streptocoques
  • CNR Résistance aux antibiotiques.

Les coordonnées de tous les CNR sont disponibles dans le dossier thématique "Centres nationaux de référence".

Les réseaux de surveillance

Ces réseaux sont multiples et ont des modalités de fonctionnement variés. Certains surveillent l'incidence d'infections bactériennes résistantes nosocomiales (BMR-Raisin), d'autres permettent la mise en commun de données de résistance bactérienne sur la base d'un guide méthodologique commun (réseaux de l'Onerba), ou collaborent avec des Centres nationaux de référence par l'envoi de souches sur la base de critères définis (Observatoires Régionaux du Pneumocoque [ORP], Renago) et certains sont constitués des laboratoires collaborateurs de CNR (Salmonella, Campylobacters…).

Réseaux de surveillance du Réseau d'alerte, d'investigation et de surveillance des infections nosocomiales

La surveillance des bactéries multirésistantes (BMR), associée à la prévention de leur diffusion, est un axe majeur de la lutte contre les infections nosocomiales. Le réseau d'alerte, d'investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin) anime un réseau qui contribue à la surveillance de la résistance aux antibiotiques dans les établissements de santé : le réseau de surveillance des bactéries multirésistantes (BMR-Raisin). Ce réseau est soutenu par Santé publique France et sa coordination nationale est déléguée au centre de coordination de la lutte contre les infections nosocomiales (CPIias Ile de France). Il collige les données recueillies auprès d'établissements de santé volontaires dans les cinq interrégions.

Le réseau BMR-Raisin conduit une surveillance prospective trois mois par an ciblée sur Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) et les entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE). Les souches retenues sont celles isolées de prélèvements à visée diagnostique chez un patient hospitalisé plus de 24h , les doublons sont exclus.Dans le cadre de la création du réseau des CPias, la surveillance de la résistance aux antibiotiques en établissement de santé est amenée à sensiblement évoluer. En 2018, la mission nationale de surveillance et prévention de la résistance bactérienne aux antibiotiques en établissement de santé a été confiée par Santé publique France aux CPias Grand Est et Nouvelle Aquitaine pour une durée de 5 ans.

Parallèlement aux réseaux de surveillance annuels ou biannuels, le caractère de résistance aux antibiotiques des espèces bactériennes les plus fréquemment isolées d'infections nosocomiales (Staphylocoque doré, entérobactéries, pseudomonas, entérocoques, acinetobacter) est recueilli aux cours des enquêtes nationales de prévalence des infections nosocomiales et des traitements antibiotiques en établissements de santé (ENP), conduites en France tous les 5 ans depuis 1996 afin de mesurer leur fréquence parmi ces infections. Les rapports de ces différentes enquêtes sont disponibles à l'URL suivante : http://www.invs.sante.fr/enp. Une nouvelle enquête a été réalisée en mai-juin 2017 , pour la première fois, elle a été conduite sur un échantillon de 400 établissements représentatifs des établissements de santé français. Les résultats de cette enquête seront prochainement disponibles.

Dernières données et tendances - S. aureusDernières données et tendances - E. coli

Réseaux de l'Observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba)

Crée en 1997, l'Observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba) est une association loi 1901 qui fédère actuellement 16 réseaux de surveillance de la résistance bactérienne : - 3 réseaux de laboratoires d'analyses médicales de ville - 11 réseaux de laboratoires hospitaliers dont certains sont spécialisés dans la surveillance des bactéries multirésistantes - 1 réseau de laboratoires vétérinaires- 1 réseau de surveillance des pneumocoques, qui sera détaillé plus loin.

Dans le cadre d'une collaboration entre Santé publique France et l'Onerba, les réseaux Azay-résistance, Réussir et Ile-de-France fournissent au réseau européen EARS-Net (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network) les données de résistance des principales bactéries isolées d'infections invasives chez des patients hospitalisés dans des services hospitaliers répartis sur l'ensemble du territoire français. Depuis 2014, les travaux de l'Onerba bénéficient d'un soutien financier conjoint de l'ANSM et de Santé publique France.

Dernières données et tendances - S. aureus Dernières données et tendances - Enterococcus spp. Dernières données et tendances – E coli Dernières données et tendances – PseudomonasDernières données et tendances – Klebsiella

Réseau du Centre national de référence des pneumocoques et des Observatoires régionaux du pneumocoque (ORP)

La surveillance de la résistance de Streptococcus pneumoniae associe le CNR des pneumocoques (CNRP) à un réseau de 24 observatoires régionaux du pneumocoque (ORP), répartis sur l'ensemble du territoire et incluant des laboratoires publics et privés. En 2015, 205 laboratoires (incluant environ 15 %, de laboratoires privés d'analyses de biologie médicale), desservant environ 70 % des admissions hospitalières en médecine, ont participé à cette surveillance Le CNRP fournit par ailleurs les données nationales au réseau européen EARS-net. Depuis 2001, les efforts du CNRP ont porté sur une meilleure exhaustivité et représentativité du recueil des souches responsables d'infections pneumococciques sévères ou dites " invasives " (méningites ou bactériémies). Ceci permet une meilleure estimation de la proportion de souches de pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) et de la proportion de souches résistantes à l'érythromycine ou aux fluoroquinolones. Il s'agit de souches non redondantes, doublons de prélèvements exclus.

Dernières données et tendances - Streptococcus pneumoniae

Réseaux de surveillance des Salmonella

La surveillance de la résistance aux antibiotiques des Salmonella intègre les données concernant les salmonelles humaines par le CNR Escherichia coli, Shigella et Salmonella et les salmonelles d'origine non humaine réalisée dans le cadre du réseau Salmonella piloté par l'unité SEL ("Salmonella, E. coli, Listeria") du Laboratoire de Sécurité des aliments (LSA) de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). En 1993 et en 1997, et systématiquement depuis 2002, le CNR des Salmonella étudie le profil de résistance d'un échantillon aléatoire de souches et les résultats des antibiogrammes qui lui sont transmis par un réseau de plus de 1 000 laboratoires privés et hospitaliers (1 185 en 2016).   Dernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype Enteritidis Dernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype TyphimuriumDernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype 1,4,[5] :12 :i :- (variant monophasique de S.Typhimurium)

Réseau du Centre national de référence des Shigella (CNR E. coli, Salmonella, Shigella)

La surveillance nationale de la résistance des shigelles repose sur la collaboration entre le CNR des E. coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS) et un réseau de laboratoires d'analyse de biologie médicale répartis sur tout le territoire qui adressent leurs isolats au CNR-ESS pour confirmation et typages complémentaires mais aussi pour participer à la surveillance épidémiologique. L'évolution de la résistance des Shigella aux antibiotiques et la détermination des mécanismes de résistance est réalisée en liaison avec le CNR-ESS.

Dernières données et tendances - Shigella

Surveillance des infections à Campylobacter chez l'homme en France

Depuis avril 2002, la surveillance des infections à Campylobacter en France repose sur un réseau de laboratoires d'analyses de biologie médicale et de laboratoires hospitaliers. Les laboratoires participants recherchent systématiquement Campylobacter dans toute coproculture et envoient volontairement les souches qu'ils isolent au Centre national de référence (CNR) des Campylobacters et Hélicobacters. Depuis 2013, le CNR a mis en place un circuit de données sécurisé permettant la saisie directe des données en ligne par les laboratoires qui utilisent les mêmes méthodes que le CNR, notamment l'identification des espèces par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Il est prévu que ces laboratoires adressent une souche sur 10 au CNR pour contrôle. Pour chaque souche reçue, le CNR réalise une caractérisation de l'espèce et des tests de sensibilité aux antibiotiques par méthode de diffusion utilisant des disques. Depuis 2013, les antibiotiques testés sont : l'ampicilline, l'érythromycine, la gentamycine, la ciprofloxacine, l'association amoxicilline/acide-clavulanique et la tétracycline.

Dernières données et tendances - Campylobacter coliDernières données et tendances - Campylobacter jejunii 

Réseau de surveillance des infections à gonocoques (Renago)

La surveillance des infections à Neisseria gonorrhoeae repose depuis 1986 sur le réseau Renago associant le CNR des gonocoques et des laboratoires publics et privés volontaires répartis en France métropolitaine. Les laboratoires participant à la surveillance microbiologique envoient leurs souches de gonocoques au CNR qui réalise la surveillance de la résistance à différents antibiotiques : pénicilline G, ceftriaxone, céfixime, tétracycline, spectinomycine, azithromycine et ciprofloxacine.

Jusqu'en 2006, l'indicateur principal de suivi de la résistance aux antibiotiques était la proportion de souches résistantes à la ciprofloxacine, qui était auparavant le traitement de première intention des urétrites non compliquées. Face aux taux élevés de résistance des gonocoques à la ciprofloxacine ces dernières années, l'ANSM  recommande depuis 2005 l'utilisation de la ceftriaxone injectable en première intention.

Depuis 2007, l'évolution de la sensibilité des gonocoques à la ceftriaxone (et au céfixime depuis 2008) est utilisée comme indicateur principal de suivi de la résistance aux antibiotiques. Pour permettre une comparaison des données de surveillance issues du réseau Rénago aux données internationales, compte-tenu des critères américains (protocole GISP) et européens (Euro-GASP) de baisse de sensibilité ou de résistance, deux valeurs de CMI sont indiquées pour la ceftriaxone et le céfixime (>0,125 et>0,25 mg/L). Le critère de définition de la résistance à la ciprofloxacine retenus dans le  cadre de ce réseau est le critère américain et européen (CMI≥1 mg/L) , il est ainsi plus élevé que celui préconisé par le comité de l'antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM).

Dernières données et tendances - Neisseria gonorrhoeae

Réseau de surveillance de la résistance à Mycobacterium tuberculosis

La surveillance de la résistance de Mycobacterium tuberculosis aux antibiotiques repose sur le réseau de laboratoires du CNR mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux (CNR MyRMA) mis en place en 1992 (environ 200 laboratoires en 2017) et le réseau AZAY-Mycobactéries de laboratoires de CHU, mis en place en 1995 (36 CHU en 2016). Le réseau AZAY-Mycobactéries surveille la résistance primaire et secondaire aux antituberculeux de première ligne. Le réseau du CNR-MyRMA surveille la multirésistance de manière exhaustive.Depuis 2003, la résistance à l'isoniazide et à la rifampicine est également recueillie par le biais de la déclaration obligatoire.

Dernières données et tendances - Mycobacterium tuberculosis

Réseau du Centre national de référence des méningocoques (CNRM)

La surveillance de la résistance des méningocoques repose sur la collaboration entre le CNR des méningocoques (CNRM) et près de 700 laboratoires de microbiologie clinique qui adressent régulièrement leurs isolats pour confirmation et typages complémentaires. Cette surveillance porte essentiellement sur les antibiotiques d'intérêt thérapeutique et/ou prophylactique (béta-lactamines, chloramphénicol et ciprofloxacine, et rifampicine). Les résultats présentés ici concernent les souches isolées d'infections invasives (méningites et méningococcémies, qui peuvent se compliquer de purpura fulminans). Le CNR des méningocoques participe à la surveillance européenne IBD-labnet des infections invasives à H. influenzae, Neisseria meningitidis et Streptococcus pneumoniae.

Dernières données et tendances - Neisseria meningitidis

European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net)

Depuis janvier 2010, la surveillance de la résistance aux antibiotiques en santé humaine au niveau européen est coordonnée par le centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), à travers l'European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-net). Il surveille la résistance aux antibiotiques de sept espèces bactériennes isolées d'hémoculture et le liquide céphalo-rachidien (hémocultures seules pour les staphylocoques et les entérocoques) : Staphylococcus aureus et Streptococcus pneumoniae depuis 1999, Escherichia coli, Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium depuis 2001, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa depuis 2005 et Acinetobacter depuis 2012. Streptococus pneumoniæ est une espèce bactérienne essentiellement communautaire, tandis que les quatre autres sont à la fois communautaires et nosocomiales. Cette surveillance avait été mise en place en 1999 sous l'égide des Pays-Bas (RIVM) avec un financement par la Commission européenne et s'appelait European Antimicrobial Resistance Surveillance System (EARSS).La contribution française à EARS-Net repose sur Santé publique France, le Centre national de référence du pneumocoque et trois réseaux de laboratoires fédérés au sein de l'Observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba).

La résistance aux antibiotiques des autres espèces bactériennes est suivie au niveau européen dans le cadre de réseaux dédiés à ces espèces.

Surveillance de la tuberculose en Europe

La surveillance de la tuberculose en Europe est coordonnée par l'ECDC (European Center for Disease Prevention and  Control). Cette surveillance est réalisée depuis le 1er janvier 2008 en lien avec le bureau régional Europe de l'OMS car elle couvre les 53 pays de zone OMS-Europe (les pays EU/EEA, les Balkans et les pays de l'ex-URSS). Les objectifs de cette surveillance sont d'apporter un soutien aux pays de la région dans la lutte antituberculeuse, dans la prévention et le contrôle de la maladie, dans la surveillance de la résistance aux antituberculeux. Ils visent également à fournir aux pays une expertise et des informations sur les tendances épidémiologiques de la maladie, sur les avancées scientifiques et sur les possibles menaces posées par  la tuberculose. Avant 2008, cette surveillance a été coordonnée à l'Institut de Veille Sanitaire (InVS) par le réseau EuroTB de 1996 à fin 2007. Le programme EuroTB avait permis l'harmonisation des recommandations, la standardisation des méthodes de surveillance en Europe et l'amélioration de la coordination de la surveillance internationale.La France participe à ce réseau de surveillance en fournissant chaque année à l'ECDC les données de déclarations de tuberculose maladie colligées par Santé publique France (déclarations initiales et des issues de traitement), ainsi que les données sur la résistance de Mycobacterium tuberculosis aux antituberculeux. Cette dernière surveillance repose sur le réseau de laboratoires du CNR des mycobactéries et de la résistance des mycobactéries aux antituberculeux (CNR-MyRMA) mis en place en 1992 et le réseau AZAY-Mycobactéries de laboratoires de CHU, mis en place en 1995. Le réseau AZAY-Mycobactéries surveille la résistance primaire et secondaire aux antituberculeux de première ligne. Le réseau du CNR-MyRMA surveille la multirésistance de manière exhaustive.

Pour en savoir plus :

Food and Waterborne Disease (FWD) Network (ex réseau Enter-Net)

Le Food and Waterborne Disease (FWD) network est un réseau de surveillance européen coordonné par le centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Il regroupe des microbiologistes en charge des centres nationaux de référence (CNR) et des épidémiologistes responsables de la surveillance nationale des 28 pays de l'Union Européenne, ainsi que de l'Islande, du Liechtenstein et de la Norvège. Il permet, par la mise en commun des données nationales des états membres, une surveillance européenne de 21 infections d'origine alimentaire et zoonoses plus particulièrement des infections à Salmonella (salmonelloses mineures et fièvres typhoïde et paratyphoïdes), à Shigella, à Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines, à Campylobacter, à Listeria et à Yersinia.

La contribution de la France à cette surveillance européenne repose sur la collaboration de Santé publique France avec, en particulier, le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella et son laboratoire associé, le CNR des Campylobacter et Helicobacter et le CNR des Listeria.

European Invasive Bacterial Diseases Surveillance Network (EU-IBD)

L'ECDC coordonne des activités de surveillance des 3 agents bactériens d'infections invasives que sont Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae (Surveillance of Haemophilus influenzae type b infection, Surveillance of Meningococcal disease + Surveillance of Pneumococcal disease). Ces travaux sont assurés par le consortium IBD-LabNEt en collaboration avec l'EMGM (The European Meningococcal and Haemophilus Disease Society).

Une trentaine de pays contribuent à cette surveillance : European Invasive Bacterial Diseases Surveillance Network (EU-IBD)

La France contribue à la surveillance européenne des infections invasives à Neisseria meningitidis par l'envoi de :

  • données épidémiologiques et bactériologiques issues de la déclaration obligatoire et du CNR : ces données sont transmises à l'ECDC à travers le dispositif européen de surveillance (TESSy) ,
  • données de typage par MLST et de sensibilité aux antibiotiques produites par le CNR à l'EMGM.

European Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme (Euro-GASP)

Au niveau européen, la surveillance de la sensibilité du gonocoque est coordonnée par l'ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) depuis 2009. Chaque année, les souches isolées entre les mois de septembre et novembre par les laboratoires des 24 pays participants, sont soit centralisées et testées par un laboratoire agréé (7 pays), soit directement analysées dans les 17 pays répondant aux critères de l'ECDC, dont la France. Euro-GASP recueille les données de surveillance de la sensibilité du gonocoque à la ceftriaxone, au céfixime, à la spectinomycine, à l'azithromycine, à la ciprofloxacine et la production de β-lactamase.