Genomic analysis of Salmonella enterica serotype Paratyphi A during an outbreak in Cambodia, 2013 2015

In 2013, an unusual increase in the number of Salmonella enterica serotype Paratyphi A (Salmonella Paratyphi A) infections was reported in patients in Phnom Penh, Cambodia, and in European, American and Japanese travellers returning from Cambodia. Epidemiological investigations did not identify a common source of exposure. To analyse the population structure and genetic diversity of these Salmonella Paratyphi A isolates, we used whole-genome sequencing on 65 isolates collected from 1999 to 2014: 55 from infections acquired in Cambodia and 10 from infections acquired in other countries in Asia, Africa and Europe. Short-read sequences from 80 published genomes from around the world and from 13 published genomes associated with an outbreak in China were also included. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was performed on a subset of isolates. Genomic analyses were found to provide much more accurate information for tracking the individual strains than PFGE. All but 2 of the 36 isolates acquired in Cambodia during 2013 2014 belonged to the same clade, C5, of lineage C. This clade has been isolated in Cambodia since at least 1999. The Chinese outbreak isolates belonged to a different clade (C4) and were resistant to nalidixic acid, whereas the Cambodian outbreak isolates displayed pan-susceptibility to antibiotics. Since 2014, the total number of cases has decreased, but there has been an increase in the frequency with which nalidixic acid-resistant C5 isolates are isolated. The frequency of these isolates should be monitored over time, because they display decreased susceptibility to ciprofloxacin, the first-choice antibiotic for treating paratyphoid fever. Traduction du résumé : En 2013, une augmentation inhabituelle du nombre de cas d'infections à Salmonella enterica sérotype Paratyphi A (Salmonella Paratyphi A) a été identifiée chez des patients à Phnom Penh, au Cambodge, et chez des voyageurs européens, américains et japonais revenant du Cambodge. Les enquêtes épidémiologiques n'ont pas permis d'identifier d'exposition commune pour ces cas. Afin d'analyser la structure de la population et la diversité génétique de ces souches de Salmonella Paratyphi A, un séquençage génomique de 65 isolats recueillis entre 1999 à 2014 a été réalisé : 55 provenant d'infections acquises au Cambodge et 10 d'infections acquises dans d'autres pays d'Asie, d'Afrique et d'Europe. Des séquences de lecture courte provenant de 80 génomes publiés dans le monde et de 13 génomes publiés associés à une épidémie en Chine ont également été incluses. Une électrophorèse en champ pulsé (PFGE) a été réalisée sur un sous-ensemble d'isolats. Les analyses génomiques ont révélé des informations beaucoup plus précises pour le suivi des souches individuelles que la PFGE. Sur les 36 isolats acquis au Cambodge au cours de la période 2013-2014, 34 appartenaient au même clade, C5, de la lignée C. Ce clade avait été isolé au Cambodge depuis au moins 1999. Les isolats de l'épidémie chinoise appartenaient à un clade différent (C4) et étaient résistants à l'acide nalidixique, tandis que les isolats de l'épidémie cambodgienne affichaient une multirésistance aux antibiotiques. Depuis 2014, le nombre total de cas a diminué, mais une augmentation des isolats C5 résistants à l'acide nalidixique a été observée. La fréquence de ces isolats doit être surveillée car ils présentent une sensibilité réduite à la ciprofloxacine, antibiotique de première ligne utilisé pour le traitement de la fièvre paratyphoïde. (Traduction effectuée par l'Unité de valorisation scientifique de la Direction de la communication et du dialogue avec la société, de Santé publique France).