En France, Santé publique France et le Centre National de Référence des virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon régulière une « analyse de risque ».

Ces analyses sont réalisées sur les données nationales (séquençage dont les enquêtes Flash, résultats des RT-PCR de criblage, investigations complémentaires) et internationales (bases de données génomiques internationale « Global Initiative on Sharing All Influenza Data » ou GISAID, données de la littérature scientifique, documents produits par l’OMS et l’ECDC, etc.).

Cette analyse porte sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international sur la base des informations disponibles sur leur diffusion et leurs caractéristiques, de l’analyse fonctionnelle virologique en France, notamment par le CNR, et de la définition de variants de l’OMS. Le système de classification des variants du SARS-CoV-2 en fonction de leur potentiel impact en santé publique a été mis en place par l’OMS le 25/02/2021 et adapté le 15/03/2023. Cette mise à jour permet de mieux refléter la situation actuelle des variants dans le monde, de procéder à une évaluation indépendante des sous-lignages d’Omicron en circulation et de permettre une classification plus claire des nouveaux variants, le cas échéant.

Les critères de classement d'un variant sont répartis en plusieurs catégories :

• variant en cours d'investigation, ou VUM ("variant under monitoring") : variant caractérisé par des modifications génétiques avec effet possible sur ses caractéristiques ET :

  • des signaux précoces d'un avantage de croissance MAIS

  • des incertitudes quant à son impact épidémiologique et clinique

• variant d'intérêt, ou VOI ("variant of interest") : variant caractérisé par des modifications génétiques avec effet possible ou démontré sur ses caractéristiques ET :

  • un avantage de croissance dans plus d'un région OMS associée à une augmentation du nombre de cas ou autre signal épidémiologique suggérant un risque accru pour la santé publique

• variant préoccupant, ou VOC ("variant of concern") : variant répondant à la définition d'un VOI et qui satisfait à l'un des critères suivants :

  • sévérité accrue OU ;

  • diminution importante de l'efficacité vaccinale contre les formes sévères OU ;

  • modification de caractéristiques pouvant affecter la capacités des structures de soin à prendre en charge les patients COVID-19

La classification en VOC étant basée sur les caractéristiques des variants, les VOC qui ne sont plus détectés à l’échelle internationale ne sont pas déclassés mais considérés comme « VOC non-circulant ».

Impact du classement en variant préoccupant, d’intérêt ou à suivre

• Variant préoccupant ou VOC : une surveillance et des mesures de gestion spécifiques sont mises en place au niveau national.

• Variant à suivre ou VOI : le CNR Virus des infections respiratoires et Santé publique France mettent en place un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques.

Tableau de classement des variants du SARS-CoV-2 en France entière (hexagone et DROM), 09/09/24

Mise à jour de l'analyse de risque au 09/09/2024

Enquête Flash S33-2024 du 12/08/2024 (dernières données consolidées) : 109 séquences interprétables.
La nomenclature a été ajustée en fonction des modifications du classement OMS au 19/07/2024, décrites précédemment.
Chaque lignage classé inclut tous ses sous-lignages ne faisant pas l'objet d'un classement spécifique.

^1. JN.1.7, JN.1.18, KP.2, KP.3, KP.3.1.1 et LB.1 exclus
^2. KP.3.1.1 exclus

Consultez les analyses de risque et caractéristiques des variants d’intérêt à suivre

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (09/09/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (05/08/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (08/07/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (10/06/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (13/05/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (08/04/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (11/03/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (12/02/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (08/01/2024)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (11/12/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (13/11/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (23/10/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (25/09/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (31/08/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-COV-2 (26/06/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (24/05/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/04/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (22/03/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/02/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (11/01/2023)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (14/12/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (16/11/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/10/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (05/10/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (07/09/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (10/08/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (06/07/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/06/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (18/05/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (20/04/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (23/03/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (23/02/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (26/01/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (05/01/2022)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/12/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (01/12/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (12/11/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (03/11/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (21/10/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (13/10/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (22/09/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (08/09/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (25/08/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (11/08/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (28/07/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (15/07/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (30/06/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (16/06/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (02/06/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (19/05/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (12/05/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (05/05/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (21/04/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (08/04/2021)

• Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (25/03/2021)

En complément des analyses de risque, les données de circulation des variants du SARS-CoV-2 obtenus via les enquêtes Flash sont restituées dans les points épidémiologiques nationaux et régionaux publiés régulièrement. Une rétro-information aux partenaires de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 est faite par chaque région.

Où trouver les données de surveillance génomique du SARS-CoV-2 ?

• les résultats consolidés des enquêtes Flash #5 à Flash #29 sont disponibles dans les documents synthétiques "Le point sur" mis en ligne sur le site internet ;

• depuis l’enquête Flash #30, les résultats des enquêtes Flash considérés comme suffisamment représentatifs (plus de 400 séquences interprétables ou plus de 3 semaines) sont disponibles via le tableau de bord InfoCovidFrance (onglet "Variants" - données jusqu'au 30/06/23)), Géodes ainsi qu’en open data sur data.gouv.fr.

• depuis le 04/10/22, les indicateurs de suivi de l’activité de séquençage du consortium EMERGEN sont disponibles via le tableau de bord EMERGEN-DB ;

• l’activité de dépôt national dans GISAID (Global Inititative on Sharing All Influenza Data), à laquelle les laboratoires du réseau EMERGEN contribuent pour le SARS-CoV-2, est disponible sur : GISAID - Submission Tracker Global.

La nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en terme de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national dans l’objectif de contenir leur progression.

Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance complet et réactif de l’épidémie de Covid-19 et de ses variants qui a évolué au fur et à mesure. Jusqu'à présent le suivi reposait deux techniques : le criblage et le séquençage. Depuis l'abrogation de l'arrêté du 1er juin 2021 entrée en vigueur le 30 juin 2023, le suivi repose désormais sur le séquençage uniquement.

Le criblage immédiat des prélèvements positifs après un test RT-PCR

L’objectif du criblage était d’identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d’environ 24 heures après le diagnostic de l’infection. Les résultats remontaient à Santé publique France via le système d’information SIDEP et permettaient de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Ces indicateurs étaient publiés quotidiennement sur le tableau de bord InfoCovidFrance, TousAntiCovid, Géodes ainsi qu’en open data sur data.gouv.fr.

Depuis l’émergence du variant Omicron, une diversification génétique importante est observée et les mêmes mutations apparaissant indépendamment chez différents sous-lignages. Le criblage ne permet donc plus de suivre les variants du SARS-CoV-2 de manière précise.

Le séquençage complet du génome viral à partir des prélèvements positifs après un test RT-PCR

Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L’objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l’infection. Il est capable d’identifier tout variant, connu ou inconnu, grâce à l’analyse de sa séquence génétique. Le séquençage permet ainsi de détecter tout nouveau variant, et de suivre sa diffusion sur le territoire, avec des délais toutefois supérieurs à ceux du criblage (de 7 à 14 jours). Les résultats de séquençage sont rassemblés au niveau national dans le cadre du Consortium EMERGEN.

Trois stratégies de séquençage complémentaires sont mises en œuvre :

• Le séquençage représentatif permet de cartographier à un instant donné les variants du SARS-CoV-2 circulants en France métropolitaine et dans les DROM. Il est organisé sous forme d’enquêtes Flash, répétées à intervalles réguliers, qui consistent à sélectionner aléatoirement des prélèvements RT-PCR positifs pour le SARS-CoV-2 pour lesquels le génome viral est séquencé. Les enquêtes Flash sont une des cibles prioritaires de la stratégie nationale de surveillance génomique coordonnée par Santé publique France et l’ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes dans le cadre du Consortium EMERGEN.

• Le séquençage ciblé permet d’investiguer spécifiquement les variants du SARS-CoV-2 associés à un profil particulier, ayant intérêt pour la prise en charge individuelle des patients (échappement aux traitements, par exemple) ou en santé publique (échecs vaccinaux, cas graves). Les indications de séquençage ciblées sont définies par Santé publique France (dans le cadre de la surveillance) et par les sociétés savantes des microbiologistes et cliniciens (dans le cadre de la prise en charge des patients).

• Le séquençage interventionnel est un outil d’investigation qui peut être déployé à la demande des acteurs de santé publique nationaux ou locaux, par exemple pour l’investigation de clusters ou le renforcement de la surveillance d’un variant émergent (avec un séquençage des cas suspects). Il permet également l’investigation d‘un variant associé à un contexte spécifique.

Les variations génétiques du SARS-CoV-2 sont surveillées au niveau mondial et les séquences produites dans chaque pays sont partagées dans des bases de données internationales, dont la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data).

• En savoir plus : Organisation de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 (mise à jour au 01/07/2023)

Les investigations complémentaires

En complément du suivi de la circulation des différents variants, ces données permettent l’identification de signaux à investiguer. En particulier, lors de l’émergence de variants pour lesquelles les données disponibles ne sont pas suffisantes pour évaluer leur potentiel impact en santé publique, les premiers cas français sont investigués (caractéristiques et évolution cliniques, antécédents, facteurs de risque, statut vaccinal…) afin d’informer le besoin de mesures spécifiques. Les résultats de ces investigations sont ensuite publiés dans les points épidémiologiques COVID-19 et/ou les analyses de risque variants de Santé publique France. Certaines de ces investigations ayant été menées par des postes financés par le projet européen HERA sont détaillées dans la page de ce projet.

Omicron : une surveillance renforcée sur le territoire

Le suivi au plus près de l’émergence du variant Omicron apparu en France en 2021 est un enjeu majeur de santé publique. Les différentes méthodes de surveillance des variants ont été mobilisées afin d’assurer ce suivi :

• La stratégie de criblage, permettant un suivi réactif, a été adaptée pour suivre le variant Omicron en France dès novembre 2021. Omicron ne portait aucune des mutations inclues dans la stratégie de criblage au moment de son émergence fin novembre 2021 (E484K, E484Q et L452R). Si ce profil en criblage (absence des trois mutations cibles) n’était pas spécifique d’Omicron, il était minoritaire et l’évolution de sa proportion permettait d’estimer la dynamique de diffusion d’Omicron en France. Ce profil a donc été ajouté dans les indicateurs suivis quotidiennement par Santé publique France et, dès le 6 janvier 2022, rendu disponible en open data sur la plateforme Géodes et sur data.gouv.fr.

• Le profil caractérisé par l’absence des trois mutations inclues dans le criblage n’étant pas retrouvé uniquement chez Omicron, une stratégie de criblage complémentaire a été mise en place. Cette stratégie consistait à recherche plusieurs mutations plus spécifiques du variant Omicron. L’identification d’une de ces mutations était considérée comme une suspicion forte d’Omicron.

• La confirmation de l’infection par un variant nécessitant un résultat de séquençage a été renforcé pour suivre au plus près les premiers cas sur le territoire. Une forte mobilisation des laboratoires du Consortium EMERGEN, auxquels il a été demandé de séquencer systématiquement et de manière prioritaire les cas suspects d’infection par Omicron (retours de voyage d’Afrique australe ou absence des trois mutations cibles en criblage), a permis la confirmation et l’identification des premiers cas avec des délais de séquençage considérablement réduits.

Ainsi, le premier cas d’infection avec le variant Omicron a été confirmé par séquençage le 30 novembre 2021 par un des laboratoires séquenceurs du consortium EMERGEN à La Réunion.