Aux Antilles et en Guyane, une épidémie de Zika a sévi en 2016, pendant l’épidémie majeure qui a atteint l’Amérique latine et la Caraïbe. Environ 80000 personnes ont consulté dans ces départements pour infection à virus Zika. Le vecteur est le moustique Aedes aegypti.
Les derniers cas confirmés par RT-PCR datent de janvier 2017 pour la Martinique et la Guadeloupe, de février 2017 pour les Iles du Nord et d’avril 2017 pour la Guyane.

Dans l’océan Indien à Mayotte, Aedes aegypti et Aedes albopictus sont présents, à la Réunion, Aedes albopictus est largement majoritaire (Aedes aegypti y est résiduel). Il n’y a pas eu de transmission autochtone de zika dans ces deux départements.