La recherche au cœur du plan de surveillance génomique du territoire français de variants du Sars-Cov-2

Coordonné par l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, agence autonome de l’Inserm, et Santé publique France, le consortium EMERGEN¹ assure actuellement la surveillance génomique des variants du SARS-CoV-2 sur le territoire français. Créé en janvier 2021 pour renforcer les capacités de surveillance génomique et de recherche sur les variants du SARS-CoV-2 en France, ce consortium a permis de produire 317 521 séquences au total depuis son lancement en janvier 2021, multipliant par plus de 100 le nombre de séquençage réalisé par rapport à 2020².

Dès sa mise en place, le consortium EMERGEN a permis de mobiliser les principaux laboratoires de virologie disposant de fortes capacités en séquençage (CNR Institut Pasteur, CNR Hospices Civils de Lyon, Laboratoires experts pour l’appui au séquençage du SARS-CoV-2 : AP-HP Mondor et AP-HM Marseille) et les laboratoires hospitaliers du réseau de virologie ANRS | Maladies infectieuses émergentes, et depuis juillet 2021 un certain nombre des laboratoires de biologie médicale privés participent aux activités de séquençage. Cet effort est mené en métropole mais également dans les Outre-Mer ; la détection et l’identification du variant Omicron du SARS-CoV-2 par l'unité mixte de recherche processus infectieux en milieu insulaire tropical (PIMIT) de l’Université de la Réunion en est un exemple concret.

Par ailleurs, dans le contexte d’une épidémie mondiale, l’Agence française de développement (AFD) et l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, en partenariat avec l’Institut Pasteur, l’IRD et des laboratoires de 13 pays d’Afrique ont lancé conjointement le projet AFROSCREEN³. Ce projet répond à un besoin urgent de surveillance de l’évolution des variants du SARS-CoV-2 et d’autres pathogènes émergents en renforçant les capacités de séquençage génomique des laboratoires. Ce projet de l’Initiative Santé en Commun⁴, voulu par le Président de la République, renforce la contribution de la France à la riposte mondiale contre la pandémie de Covid-19 et s’inscrit dans la stratégie du G20, en étroite coordination avec le CDC (Centres for Disease Control and Prevention) de l’Union Africaine.

En parallèle aux activités de surveillance d’EMERGEN, coordonnées par Santé publique France, l’objectif du volet recherche, coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, est de déployer des projets pour favoriser l’acquisition de connaissances autour des variants du SARS-CoV-2. Pour cela, la première action du consortium a été de proposer très rapidement des projets de recherche à fort potentiel d’impact, selon quatre axes définis dans le projet EMERGEN : anticipation et analyse de la signification des variants à partir d’un volet « recherche expérimentale et modèles » ; identification, caractérisation, et analyse de l’évolution de nouveaux variants dans des cohortes ; modélisation de l’évolution et de l’impact de ces variants ; et enfin évaluation de l’utilisation des eaux usées comme outil de suivi des variants.

En accord avec le ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes a identifié différents experts scientifiques externes habilités à évaluer les projets EMERGEN en fonction des thématiques abordées et des spécificités des projets déposés dans le cadre de ce volet recherche.

Au terme d’une évaluation scientifique rigoureuse et transparente, la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation a validé le financement de 15 projets de recherche et 1 projet d’infrastructure pour un montant total de 9 313 060 €.

Ce volet recherche contribuera à l’acquisition de connaissances autour des variants du SARS-CoV-2, et permettra notamment une exploitation en profondeur des données d’évolution et de phylogénie virale et leur intégration dans les activités de modélisation épidémiologique, le suivi et la compréhension de résistance aux anti-infectieux ou d’échappement à la réponse immunitaire, ou encore la détection de variants permettant d’anticiper un franchissement de la barrière d’espèce.

A plus long terme, le système de surveillance génomique et de recherche déployée dans le cadre d’EMERGEN s’étendra aux infections à pathogènes émergents (infections virales, bactériennes, fongiques, et parasitaires).

Liste des projets financés