En 1999-2000, 2060 cas de paludisme au total ont été rapportés par l'Istituto Superiore di Sanità (ISS). La plupart des patients avaient suivi un traitement inapproprié ou aucun traitement ; 93% ont été infectés dans des pays africains impaludés, 4% en Asie et 3% en Amérique latine. Dans 84% des cas, P. falciparum était impliqué, suivi de P. vivax (8%), de P. ovale (5%) et de P. malariae (2%). Les décès correspondaient à un taux annuel de létalité de 0,3% et de 0,5% en 1999 et 2000 respectivement. Les cas importés correspondaient en général à des voyageurs italiens qui ont sous-estimé le risque d'infection dans les pays impaludés en Asie et en Amérique latine, et des résidents permanents d'origine africaine, qui ont rendu visite à leur famille dans leur pays natal.