Le paludisme, éliminé de métropole puis des Antilles et de la Réunion au cours du xxe siècle, reste endémique dans deux territoires de la République : le département de la Guyane et la collectivité territoriale de Mayotte. Malgré des différences en termes d'espèce en cause et de profils épidémiologiques, les efforts entrepris au cours de la dernière décennie dans ces deux territoires ont abouti à une nette amélioration de la situation sur le plan quantitatif (nombre de cas et de cas graves recensés). La situation reste néanmoins préoccupante sur le plan qualitatif, avec l'émergence de résistances aux antipaludiques et les difficultés logistiques et réglementaires d'accès au traitement sur le terrain. Si le paludisme a disparu de métropole et dans les autres départements ultramarins il y a un demi-siècle, des vecteurs compétents restent présents sur tout ou une partie de ces territoires et peuvent donner lieu à des épidémies limitées.