Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé, issu de la fusion de plusieurs établissements publics, créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, l’agence intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique, d’expertise et de sécurité sanitaires, elle a pour missions :

1. L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ; 
2. La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
3. La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
4. Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
5. La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
6. Le lancement de l'alerte sanitaire.

L’agence est organisée autour de 12 directions scientifiques, transversales ou assurant le soutien à l’activité.

Les orientations stratégiques de l’agence et son programme de travail, arrêtés par son Conseil
d’administration, se déclinent en trois axes : Consolider la capacité d’anticipation et de réponse réactive pour faire face aux menaces sanitaires ; Mesurer et évaluer l’ampleur des maladies et des facteurs de risques pour guider leur prévention et leur contrôle ; Renforcer l’impact sur la santé dans toutes les politiques publiques et la prévention et promotion de la santé.

Direction des maladies infectieuses

Missions

La personne recrutée effectuera le développement, l’adaptation et la validation de modèles
mathématiques et statistiques pour l’analyse des données épidémiologiques recueillies par
Santé publique France ou ses partenaires dans le cadre de la surveillance des maladies
infectieuses, notamment dans un objectif d’aide à la décision. Dans ce cadre, elle aura accès
aux bases du Système National des Données de Santé (SNDS) et aux données issues des
systèmes de surveillance de l’agence.

Activités

Sous l’autorité de l’adjoint au Directeur, en lien avec les épidémiologistes de la DMI ou des
autres directions de l’agence, la personne recrutée aura en charge les activités suivantes
dans le champ de la modélisation mathématique des maladies infectieuses à transmission
vectorielle :

• Développer et adapter des modèles mathématiques et statistiques pour mieux
  comprendre et décrire la dynamique des maladies à transmission vectorielle, en
  particulier les arboviroses. Différentes approches pourront être mobilisées ; celles-ci
  pourront notamment inclure des modèles statistiques et des méthodes d’apprentissage
  automatique, permettant d’identifier les facteurs associés à la transmission, ainsi que
  des modèles mécanistes, décrivant explicitement les processus de transmission entre
  hôtes et vecteurs ; des modèles spatio-temporels pourront également être développés
  afin de prendre en compte l’hétérogénéité environnementale, climatique et
  démographique.
• Développer et adapter des modèles épidémiologiques intégrant les données de
  séquençage génomique (notamment produites par le CNR) pour analyser les
  dynamiques de transmission aux échelles macro (flux entre territoires) et micro (foyers
  locaux, chaînes de contamination).
• Produire des prévisions à court et moyen terme (nowcasting et forecasting) à l’aide des
  modèles développés, en particulier en cas de forte pression d’importation ou lors
  d’épidémies sur le territoire (incluant l’outremer), afin d’anticiper le risque de diffusion
  épidémique. Ils s’appuieront sur une exploitation optimisée des données
  épidémiologiques disponibles pour améliorer les prévisions. L’objectif est d’exploiter les
  séries temporelles existantes afin de produire des projections robustes, en adaptant les
  méthodes aux spécificités des contextes locaux, dont les dynamiques peuvent différer
  sensiblement entre la France hexagonale et les territoires ultramarins.
• Initier ou de contribuer à des travaux de modélisation épidémiologique, en intégrant une
  approche One Health pour certains systèmes vectoriel (e.g. virus West Nile, Usutu,…)
  en collaboration avec les équipes de modélisation des principaux partenaires de Santé
  publique France. L’objectif sera de renforcer la compréhension des risques dans une
  démarche de surveillance intégrée et d’éclairer les stratégies de surveillance et de
  contrôle de ces maladies.
• Tester des scénarios d’évolution de la dynamique épidémique à moyen/long terme, et
  l’impact de stratégies de prévention et de contrôle des épidémies d’arboviroses.
• Modéliser et évaluer l’impact des stratégies préventives, notamment la vaccination, en
  intégrant les dynamiques d’immunité collective et les spécificités des populations cibles,
  incluant l’analyse des scénarios d’intervention, l’estimation de leur efficacité, et la
  simulation de leurs effets sur la transmission des pathogènes et le fardeau (« burden »)
  de la maladie.
• Estimer les paramètres cachés de surveillance épidémiologique des maladies
  infectieuses (incidence, taux d’exhaustivité, risque de contamination don du sang…).