Dans un contexte de pandémie, mesurer l'évolution et l'impact de la vaccination contre une maladie est essentiel pour la surveillance épidémiologique. Vaccin Covid est l'outil numérique permettant la traçabilité des vaccinations, et VAC-SI est un système d'information issu de Vaccin Covid, constituant la base de données des vaccinations contre la Covid-19 et des indicateurs de suivi dans le cadre de la pandémie. Cet article décrit la mise en œuvre du système VAC-SI en pleine crise sanitaire, de la construction de la base de données avec les différents acteurs impliqués jusqu'à la production d'indicateurs, en passant par l'exploitation de la base par Santé publique France et ses évolutions. Dans l'élaboration de ce nouveau système, de multiples défis techniques sont apparus face aux différents enjeux et besoins, ainsi qu'aux évolutions de la politique vaccinale, qui ont nécessité une capacité d'adaptation constante et une forte réactivité.