Points clés
L’épidémie de Covid-19 a débuté à Mayotte il y a près d’un an avec une première vague épidémique relativement peu sévère autour du mois de mai 2020. Depuis, la circulation virale n’a jamais cessé sur le territoire et des recrudescences de cas ponctuelles ont été enregistrées au cours du deuxième semestre, en lien avec les congés scolaires, la survenue de clusters de taille importante et plusieurs campagnes massives de dépistage.
Fin décembre 2020, les premiers signaux suggérant une intensification de l’épidémie ont été détectés avec une augmentation des taux d’incidence et de positivité au Sars-Cov-2 dans l’ensemble des classes d’âge et des communes de l’île. Dans le même temps, le gouvernement sud-africain signalait, le 18 décembre, l'émergence d'un variant désigné 501Y.V2. Les séquençages génétiques indiquent sa présence en Afrique du Sud depuis novembre. Aujourd’hui, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. Il a été identifié dans 40 pays selon l’OMS dont plusieurs voisins de Mayotte tels que l’Union des Comores ou le Mozambique.
Depuis le début de l’année, l’ensemble des indicateurs épidémiologiques sont en faveur d’une dégradation rapide et intense de la situation sanitaire liée au Covid-19 à Mayotte. Cette dynamique préoccupante survient dans le contexte de la présence de variants plus transmissibles. Sur les trois dernières semaines, le taux d’incidence (TI) a plus que doublé. Le taux de positivité a triplé entre mi-décembre et fin janvier, notamment chez les 0-14 ans au cours des deux dernières semaines (+43%), invitant à une vigilance particulière dans la population pédiatrique qui ne semble plus épargnée par l’infection.
Les indicateurs hospitaliers témoignent de la sévérité de cette nouvelle vague épidémique. La cinétique des admissions de cas sévères au CHM est différente de la première vague : les formes respiratoires oxygéno-réquérentes sont en augmentation, notamment dans les services d’urgence, médecine et réanimation. Après une période de 15 jours fin décembre sans aucune admission de cas de COVID-19 en réanimation, une recrudescence de cas graves est observée depuis la première semaine du mois de janvier. Le nombre de patients admis chaque semaine en réanimation est en augmentation constante et rapide depuis 3 semaines (10 admissions réanimatoires la semaine dernière et déjà 7 patients admis cette semaine au 4 février). Tant que l’île poursuivra son ascension vers le pic épidémique, le CHM devrait enregistrer une augmentation significative des admissions dans les dix à quinze jours suivants.
Dans l’objectif d’assurer une surveillance des nouveaux variants du Sars-Cov-2 à Mayotte (notamment le variant 501Y.V2) et de mieux en décrire les caractéristiques, un protocole de séquençage est actuellement en vigueur, en lien avec le Centre des virus respiratoires en métropole. A ce jour, 295 échantillons ont été séquencés et le variant sud-africain a été identifié sur 77 d'entre eux. Un échantillon a révélé la présence d'un variant anglais chez un patient ayant voyagé avec multiples escales. Compte tenu des difficultés de contact tracing et d’isolement des cas à Mayotte, une circulation communautaire du variant 501Y.V2 est probable.
Actuellement, des incertitudes demeurent autour du variant 501Y.V2 et des mutations accumulées par celui-ci. Se posent les questions de la réponse immunitaire, des risques de réinfection et de perte d’efficacité des vaccins. De nouvelles études doivent être menées pour déterminer les caractéristiques génétiques, immunologiques, cliniques et épidémiologiques des variants du Sars-Cov-2.
