Chargé(e) d’études scientifiques - Surveillance génomique du SARS-CoV-2

Référence du poste : DIRE-CDD-2021-18

Publié le 29 décembre 2021
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Présentation de l'agenceAfficherMasquer

Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, elle intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions :

  1. L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ;
  2. La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
  3. La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
  4. Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
  5. La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
  6. Le lancement de l'alerte sanitaire.

L’agence est organisée autour de directions scientifiques et transversales et de directions assurant le support et le soutien à l’activité.
Son programme de travail, arrêté par son Conseil d’administration, s’articule autour de cinq axes prioritaires : les déterminants de santé, les populations, les pathologies, les interventions et les territoires, et les infrastructures.

AffectationAfficherMasquer

Direction des régions (DiRe)
Cellule Régionale Centre Val de Loire (Orléans)

Description du posteAfficherMasquer

Missions et activités

La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre l’épidémie à l’échelle nationale et mondiale. 

Santé Publique France et l’ANRS ont mis en place en 2021 un consortium (EMERGEN) pour déployer sur le territoire national un système de surveillance génomique des infections (virales, mais aussi à plus long terme bactériennes, fongiques, parasitaires). Ce consortium associe de nombreux partenaires dont des plateformes de séquençage à haut-débit (en particulier celles du CNR Virus des infections respiratoires) et l’Institut français de bio-informatique ; des capacités locales de séquençage (publiques ou privées) sont aussi mobilisées. La première phase de ce projet (2021-2022) est exclusivement consacrée au SARS-CoV-2. Il intègre des activités de surveillance conduites sous l’égide de Santé publique France, et des activités de recherche conduites sous l’égide de l’ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes. 

Les grands axes du projet EMERGEN sont les suivants : 

  • Identifier la part des différents variants circulant sur le territoire (Enquête Flash) ;
  • Détecter d’éventuels nouveaux variants par l’analyse régulière de la base EMERGEN-DB et les caractériser en lien avec le CNR ; classer ces différents variants sous forme d’analyses de risque ;
  • Nourrir des projets de recherche à partir de capacités de séquençage renforcées et de données de génomique normalisées, centralisées et partagées.

Dans le cadre de ce projet, un réseau de laboratoires a été mis en place au niveau régional afin de compléter les capacités de séquençage nationales et d’assurer une bonne représentativité de l’activité de séquençage aux différents échelons géographiques (régions, départements) ; ce réseau a aussi pour objectif de mieux cadrer les indications de séquençages conformément aux directives nationales. 

L’épidémiologiste, placé sous l’autorité du responsable de la Cellule Régionale, sera en priorité en charge d’animer les travaux de la cellule régionale concernant la surveillance génomique du SARS-CoV-2. A ce titre, il animera le réseau régional de laboratoires, s’assurera de la qualité des données transmises, monitorera les résultats et la diffusion des variants sur le territoire. Il contribuera aux investigations rendues nécessaires en cas d’émergence de nouveaux variants et sera également responsable de la mise en œuvre de la rétro-information nécessaire au bon fonctionnement d’un tel réseau de surveillance. Il assurera enfin le lien entre ces activités régionales et l’équipe en charge de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et de la coordination du projet EMERGEN au niveau du siège de l’agence.  

L’épidémiologiste contribuera également, en tant que de besoin, aux autres travaux de la Cellule Régionale portant sur la réponse spécifique apportée dans le cadre du Covid-19. 

Il participera à toute activité entrant dans les missions de l’Agence et dans le champ de ses compétences si cela s’avère nécessaire, en situation d’urgence, de crise ou de nécessité de service. L’agent pourra être amené à participer à d'autres projets en tant que de besoin.