Difficultés de diagnostic et d'expertise microbiologique des infections fongiques invasives

Publié le 16 Avril 2013
Mis à jour le 5 juillet 2019

Le diagnostic des infections fongiques invasives reste difficile malgré l'avènement de nouveaux outils. Parmi les biomarqueurs, le galactomannane sérique en criblage deux fois par semaine conserve tout son intérêt malgré la persistance de nombreux faux positifs et les faux négatifs dans les nouvelles populations à risque d'aspergillose non neutropéniques. Le b(1-3)-Dglucane semble avoir un intérêt essentiellement dans le diagnostic de la pneumocystose. Pour la recherche d'ADN par PCR, un consensus se dégage sur l'emploi exclusif d'un format quantitatif en temps réel et sur le sérum comme échantillon clinique à privilégier en raison des facilités des étapes pré-analytiques. La recherche d'ADN et de galactomannane dans le lavage broncho-alvéolaire soulève des problèmes d'interprétation entre contamination, colonisation et maladie avérée. En parallèle, l'identification de l'espèce est une étape primordiale pour adapter le traitement antifongique. Des méthodes rapides comme la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight) et le test PNA FISH (Peptide Nucleic Acid Fluorescence in Situ Hybridization) s'ajoutent aux techniques existantes pour accélérer l'identification des espèces les plus fréquentes. Pour les espèces rares responsables d'infections invasives, les méthodes de biologie moléculaires sont à encourager pour aboutir à l'identification la plus précise possible, aussi bien pour des raisons épidémiologiques que thérapeutiques. (R.A.)

Auteur : Alanio A, Bretagne S
Bulletin Epidémiologique Hebdomadaire, 2013, n°. 12-13, p. 115-7